人类癌细胞系对肿瘤药物的纵向响应

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.18292966

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 24.6 MB。

数据说明

数据描述 标题：人类癌细胞系对肿瘤药物的纵向响应 日期：2026-01-18 作者：Darren R. Tyson, Joshua A. Bauer, Sarah M. Groves, Vito Quaranta, Alexander Lubbock 所属机构：范德堡大学（数据生成时） 联系方式：darren at cancersysbio.org 背景 本数据集包含来自荧光显微镜的细胞计数数据，这些数据源自表达核定位荧光蛋白的各种人类癌细胞系（通用方法在Harris等人，2016年和Meyer等人，2021年中描述；见下方引用）。这些数据最初托管在范德堡大学主办的Thunor网络应用程序上，该应用现已下线。

文件结构 数据集包含3个CSV文件：HTS001.csv：PC-9及其衍生株（DS3、DS7、DS8、DS9、PC9-MGH、PC9-BR1）以每孔200个细胞接种，使用以EGFR为中心的抑制剂组合进行4倍稀释处理，并连续成像5天。HTS003.csv：PC-9及其衍生株以每孔300个细胞接种，使用FDA批准的抗肿瘤（FAO）药物组合进行10倍稀释处理，并连续成像5天。HTS031.csv：小细胞肺癌细胞系（H1048、H841、H1607、H446、H196、H69）使用FAO和极光激酶抑制剂处理，并连续成像5天。列定义（Thunor格式） 数据遵循Thunor使用的Vanderbilt HTS Core格式（https://docs.thunor.net/create-a-dataset）。upid：唯一板标识符。well：孔位置（例如A01）。cell.count：细胞核计数/荧光替代指标，用于反映细胞活力。time：暴露时间，以小时计。cell.line：细胞系名称。drug1：所处理的主要药物名称。drug1.conc：药物浓度。drug1.units：浓度单位（摩尔）。expt.id：与该次运行相关的实验ID。

方法 将细胞接种于384孔板中，以指定浓度的药物处理，并使用Molecular Devices ImageXpress Micro成像系统连续观察五天（72小时后更换药物），具体参照下述参考文献。荧光

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。