免疫肽组学指导的非小细胞肺癌新抗原鉴定
源站描述了一项以质谱蛋白质组学为指导、在非小细胞肺癌（NSCLC）中鉴定新抗原的研究：从 24 例 NSCLC 患者队列中对 3 例腺癌和 3 例鳞状细胞癌样本进行详细分析，工作流程在 6 例患者中的 5 例鉴定出能引发功能性 T 细胞应答的新抗原
基本信息
资源简介
免疫肽组学指导的非小细胞肺癌新抗原鉴定
该数据集来自 omicsdi.org，聚焦肿瘤/肺癌方向，主题涵盖 Cancer、Hla、Lung、Neoantigen、Peptidome。源站描述了一项以质谱蛋白质组学为指导、在非小细胞肺癌（NSCLC）中鉴定新抗原的研究：从 24 例 NSCLC 患者队列中对 3 例腺癌和 3 例鳞状细胞癌样本进行详细分析，工作流程在 6 例患者中的 5 例鉴定出能引发功能性 T 细胞应答的新抗原。数据可用于新抗原预测与肿瘤特异性肽段相关研究（来源 omicsdi.org）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：由于基因突变与新抗原呈递之间的复杂关系，发现可产生靶向特异性个性化 T 细胞疗法的肿瘤特异性肽段（新抗原）十分困难。预测新抗原的研究成功率仅为 5%，而直接观察到新抗原的情况更为罕见。我们开发了一种以质谱蛋白质组学为指导的方法，用于鉴定非小细胞肺癌（NSCLC）中的新抗原。我们假设，通过表征 HLA 分子呈递的可观察肽段（免疫肽组），可能更好地预测哪些突变会导致新抗原。从 24 例 NSCLC 患者队列中，我们对 3 例腺癌和 3 例鳞状细胞癌样本进行了详细分析。我们的工作流程在 6 例患者中的 5 例鉴定出能引发功能性 T 细胞应答的新抗原，其中直接观察到一种新抗原，并且一个 ov
【主题与分类】
主题标签：Cancer、Hla、Lung、Neoantigen、Peptidome。本站分类：肿瘤/肺癌。
【获取与许可】
源站页面：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD028990
下载信息
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源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD028990
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
发现肿瘤特异性肽（新抗原）并据此生成靶向特异性个体化T细胞疗法较为困难，原因在于基因突变与新抗原呈递之间的关系十分复杂。预测新抗原的研究成功率仅为5%，而直接观察到新抗原的情况更为罕见。我们开发了一种质谱蛋白质组学引导的方法，用于识别非小细胞肺癌（NSCLC）中的新抗原。我们假设，通过表征HLA分子所呈递的可观察肽段（免疫肽组），可能有助于更好地预测哪些突变会产生新抗原。在一个由24例NSCLC患者组成的队列中，我们对3例腺癌和3例鳞状细胞癌样本进行了详细分析。我们的工作流程在6例患者中的5例中识别出能够产生功能性T细胞应答的新抗原，其中1个新抗原被直接观察到，预测新抗原的总体应答率为20%。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
