肿瘤去细胞化揭示原发性肝癌细胞外基质的蛋白质组学与力学特征

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD035261

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数据说明

肿瘤的发生和进展在很大程度上依赖于癌细胞与其细胞及细胞外微环境的相互作用。细胞外基质（ECM）的组成、完整性和机械特性的改变决定了肿瘤的增殖、迁移和侵袭等过程。在由肝细胞癌（HCC）和胆管癌（CCA）组成的原发性肝癌中，肝纤维化和肿瘤促结缔组织增生导致的细胞外环境失调同样具有重要意义。然而，对肝癌ECM及其潜在促肿瘤机制的深入表征在很大程度上仍不清楚。在此，我们采用整合的分子和力学方法，利用去细胞化技术对HCC和CCA肿瘤的ECM进行了广泛表征。我们在肿瘤及邻近肝组织中鉴定出大量ECM相关蛋白，凸显了原发性肝癌基质体的复杂性。ECM蛋白丰度的差异导致在宏观和微观尺度上呈现出肿瘤类型特异性的不同力学特性。

此外，我们利用去细胞化的肿瘤细胞外基质（ECM）制备了一种肿瘤特异性水凝胶，用以支持患者来源的肿瘤类器官。这一方法通过结合患者来源的肿瘤ECM与癌细胞，为个性化医疗开辟了新途径。综上所述，本研究增进了对原发性肝癌发展过程中ECM关键方面变化的理解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。