PXD006601:肝癌细胞中YAP相互作用蛋白的3次质谱实验结果

该数据集来自 ebi.ac.uk,属于肿瘤/肝癌分类,记录了肝癌细胞中与 YAP 共纯化蛋白的 3 次质谱实验结果。研究目的是确定与 YAP 共纯化的蛋白身份,并寻找新的 YAP 相互作用转录因子

pride
2019-06-27 更新
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时间序列YapTfcp2Liver cancer
PXD006601: Results of the 3 times mass spectrometry experiments of YAP interacted proteins in liver cancer cells.

基本信息

模态
时间序列
创建/更新时间
2019-06-27

资源简介

PXD006601:肝癌细胞中YAP相互作用蛋白的3次质谱实验结果

该数据集记录了肝癌细胞中与 YAP 相互作用的蛋白质的 3 次质谱实验结果,英文名称为“PXD006601: Results of the 3 times mass spectrometry experiments of YAP interacted proteins in liver cancer cells.”。数据集来源于 ebi.ac.uk,在本站归类于肿瘤 / 肝癌方向。其核心研究目标是通过质谱实验确定与 YAP 共纯化的蛋白质身份,并进一步寻找新的 YAP 相互作用转录因子。主题标签涉及 Yap、Tfcp2、Liver cancer,以及人类物种信息和质谱相关参数。整体来看,该数据集围绕肝癌细胞中 YAP 蛋白相互作用网络展开,适合关注 YAP 功能、转录调控及肝癌分子机制的科研人员参考使用。

【数据集背景】

YAP 是细胞信号调控和肿瘤发生发展研究中受到关注的蛋白之一。为确定与 YAP 共纯化的蛋白质身份,并寻找新的 YAP 相互作用转录因子,相关研究开展了 3 次质谱实验。该数据集即围绕这一研究目标产生,聚焦于肝癌细胞背景下的 YAP 相互作用蛋白鉴定。其主题标签包括 Yap、Tfcp2、Liver cancer,并涉及人类物种信息以及质谱相关参数。该数据集属于肿瘤 / 肝癌分类,来源站为 ebi.ac.uk。

【数据内容】

该数据集记录的是肝癌细胞中与 YAP 相互作用的蛋白质的 3 次质谱实验结果。研究目的在于确定与 YAP 共纯化的蛋白质身份,并寻找新的 YAP 相互作用转录因子。主题标签涵盖 Yap、Tfcp2、Liver cancer,以及人类物种信息和质谱相关参数。除上述信息外,源站未提供更详细的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来自 ebi.ac.uk。其英文名称为“PXD006601: Results of the 3 times mass spectrometry experiments of YAP interacted proteins in liver cancer cells.”。源站描述指出,为确定与 YAP 共纯化的蛋白质身份并寻找新的 YAP 相互作用转录因子,研究进行了 3 次质谱实验。除这些信息外,源站未提供更具体的采集流程、实验条件或样本处理细节。

【适用场景】

该数据集适用于关注肝癌细胞中 YAP 相互作用蛋白鉴定、YAP 相关转录因子发现以及蛋白质相互作用研究的场景。其主题标签涉及 Yap、Tfcp2、Liver cancer,并包含人类物种信息和质谱相关参数,因此可用于与 YAP 共纯化蛋白身份确认、候选相互作用转录因子筛选等研究方向相关的参考。除上述方向外,源站未提供其他适用场景说明。

【使用方法】

源站未提供具体使用方法。

【质量与限制】

源站未提供质量评估与限制说明。

【引用与许可】

源站未提供引用与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD006601

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了确定与YAP共纯化的蛋白质身份并寻找新的与YAP相互作用的转录因子,我们进行了三次质谱实验。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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