PRJNA794275：人类转录组或基因表达数据（肝癌）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA794275

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

既往研究已确立F-18氟脱氧葡萄糖正电子发射断层扫描/计算机断层扫描（FDG PET/CT）在肝细胞癌（HCC）中的预后价值。然而，尚无证据表明与HCC肿瘤FDG摄取相关的转录组具有预后价值。本研究旨在阐明与FDG摄取相关的代谢基因及功能，并评估其预后价值。纳入60例Edmondson-Steiner II级HCC患者。在任何治疗前进行FDG PET/CT扫描。从肿瘤和正常肝组织获取RNA测序数据。通过Pearson相关分析研究各代谢相关基因与肿瘤FDG摄取之间的关联。计算了糖代谢与脂代谢相关基因表达之间的新型评分。

在癌症基因组图谱肝细胞癌数据集中，对所选代谢相关基因及一种新型评分的预后预测能力进行了外部验证评估。与糖酵解和HIF-1信号通路相关的9个基因与肿瘤FDG摄取呈正相关；与脂肪酸代谢和PPAR信号通路相关的21个基因则呈负相关。研究识别出7个潜在的生物标志物基因：PFKFB4、ALDOA、EGLN3、EHHADH、GAPDH、HMGCS2和ENO2。根据葡萄糖与脂质代谢之间的优势关系构建的代谢基因表达平衡评分在HCC中显示出良好的预后价值。本研究的转录组学证据有力地支持了FDG PET/CT的预后预测能力，并表明FDG PET/CT成像生物标志物在筛选适合接受代谢靶向治疗的HCC患者方面具有潜在应用价值。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。