PRJNA545709：发育中小鼠肝脏时间分辨多组学图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA545709

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝脏器官发生与发育由一系列复杂且协调有序的事件组成。识别调控肝脏发育的关键因子和通路将有助于理解这一过程，也可能为包括癌症在内的其他生理和病理过程提供见解。为此，我们对小鼠肝脏组织进行了多维组学检测，包括蛋白质、mRNA以及转录因子（TF）DNA结合活性的分析，样本采集自胚胎第E12.5天至出生后第W8周，涵盖了主要发育阶段，从而提供了小鼠肝脏发育的分子与整合全景视图。这些数据集揭示了核心肝功能以及调控发育的经典信号通路在mRNA和蛋白质水平上的动态变化，并鉴定出在肽段水平得到证实的新型RNA剪接变体。TF DNA结合活性数据集首次从四波TF激活以及可能驱动调控肝脏发育转录程序的主要TF的角度，揭示了肝脏发育的概貌。

一项比较小鼠肝脏发育与人类肝细胞癌（HCC）蛋白质组谱的研究揭示，侵袭性较强的肿瘤以早期胚胎发育通路的激活为特征，而侵袭性较弱的肿瘤则维持与肝功能相关的通路，这些通路在成熟肝脏中表达升高。这项工作为肝脏发育研究领域未来的深入功能表征提供了丰富的资源。总体设计：我们在覆盖胚胎天数（E12.5、E13.5、E14.5、E15.5、E16.5、E17.5、E18.5）、出生后天数（D1、D3、D5）以及出生后周数（W1、W2、W3、W6、W8）的15个时间点，采集了全肝脏样本，在蛋白质组和转录组水平各收集了3个重复样本，并在转录组水平收集了1个重复样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。