急性加重慢性酒精性肝损伤动物模型(DDC研究)
该数据集来自 NCBI BioProject(编号 PRJNA490764),主题为急性加重慢性酒精性肝损伤的动物模型(DDC 研究),主题标签为转录组或基因表达
![PRJNA490764: Animal model of acute-on-chronic alcoholic liver injury [DDC study]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/151545.jpg)
基本信息
资源简介
急性加重慢性酒精性肝损伤动物模型(DDC研究)
PRJNA490764 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物项目记录,标题为“Animal model of acute-on-chronic alcoholic liver injury [DDC study]”,即急性加重慢性酒精性肝损伤的动物模型(DDC 研究)。该项目的主题标签为转录组或基因表达,表明其产生的数据与基因表达层面的观测相关。在本地分类体系中,该数据集被归入肿瘤/肝癌方向。BioProject 作为生物数据的汇总入口,将围绕同一研究计划产生的多种数据类型集中关联,便于用户从单一记录出发查找相关数据。该数据集适合作为酒精性肝损伤动物模型及肝脏疾病相关转录组研究的参考资源,具体样本构成、实验设计与数据规模需以源站记录为准。
【数据集背景】
该数据集对应的是一项关于急性加重慢性酒精性肝损伤的动物模型研究,项目名称中的“DDC study”提示该研究与该模型体系相关。源站将 BioProject 定义为围绕单一研究计划、由单一机构或联合体发起的生物数据的集合,并为用户提供查找该项目所产生各类数据的统一入口。因此,PRJNA490764 的作用是作为该研究计划相关数据的索引与聚合记录,而非单一的数据文件。关于该研究的具体科学假设、建模方法与实验目的,源站未提供。
【数据内容】
该项目的主题标签为转录组或基因表达,说明其关联数据属于基因表达相关类型。BioProject 记录本身并不直接承载全部原始数据,而是提供指向该项目所生成的不同数据类型之链接。除主题标签所指示的转录组或基因表达方向外,该项目具体包含哪些样本、采用何种测序或检测平台、数据量大小以及文件格式等信息,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库,源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目编号为 PRJNA490764。依据 BioProject 的一般定位,其数据来自单一研究计划,可能由单一组织或联合体发起。关于该项目的具体提交机构、样本采集方式、动物模型构建细节及实验地点等信息,源站未提供。
【适用场景】
基于其主题标签与项目名称,该数据集可用于与急性加重慢性酒精性肝损伤动物模型相关的基因表达研究参考,也可作为肝脏疾病、酒精性肝损伤方向转录组分析的辅助资源。在本地分类中归入肿瘤/肝癌方向,可供相关领域研究者在检索肝脏疾病与基因表达数据时作为入口使用。由于具体数据内容与设计细节未在源站描述中展开,其适用范围应以实际关联数据为准,源站未提供更具体的适用说明。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录(编号 PRJNA490764)访问该项目,并借助记录中的链接查找该项目产生的各类数据。使用时应结合项目标题与主题标签判断数据是否与自身研究需求匹配。关于数据下载方式、分析流程及配套工具,源站未提供。
【质量与限制】
BioProject 记录提供的是项目层面的汇总与链接信息,其本身不构成对数据质量的评价。该数据集的具体样本数量、数据完整性、质控指标及潜在偏差等信息,源站未提供。使用者需自行核查关联数据的质量与适用性。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与使用许可条款,源站未提供。使用时应遵循 NCBI 及原始数据提交方的相关要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA490764
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
背景与目的:肝脏是酒精所致疾病的主要靶器官,酒精在肝脏引发的病理状态谱包括脂肪变性、酒精性脂肪性肝炎、进行性纤维化和肝硬化,这些病变可进展为肝细胞癌。目前存在多种酒精性脂肪性肝炎的实验动物模型,其在持续时间、酒精给予方式以及所致肝损伤的程度和类型方面各不相同。尽管这些模型中的大多数,无论酒精是通过液体饲料还是经胃内给予,均能产生脂肪性肝炎和轻度纤维化,但人们普遍认为这些模型无法完全再现严重酒精性肝病(如酒精性肝炎)的关键特征。近期研究尝试将酒精与纤维化相结合,并在小鼠模型中取得了有前景的结果,这些模型实现了酒精性肝病的一些关键特征,并伴有加重的纤维化和急性肾损伤。本研究将3,5-二乙氧基羰基-1,4-二氢可力丁(DDC)诱导的慢性胆汁淤积性肝纤维化模型与经胃内酒精喂养的小鼠模型相结合。
方法:成年雄性C57BL6/J小鼠通过喂食含0.05%(w/w)3,5-二乙氧羰基-1,4-二氢可力丁(DDC)的饲料诱导慢性肝纤维化。在DDC诱导纤维化发生后,通过胃饲管持续给予小鼠乙醇(EtOH)(最高27 g/kg/天,最长28天)(酒精性肝病的Tsukamoto-French模型)。结果:单独暴露于DDC或EtOH分别导致肝纤维化或脂肪变性。与单独使用任一药剂处理的小鼠相比,DDC与EtOH联合处理对肝损伤产生叠加效应,表现为肝脏炎症、脂肪变性和细胞周围纤维化的发生,以及血清转氨酶水平升高。联合处理组特有的肝脏转录组变化包括以下通路
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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