基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA193344：人肝细胞癌基因表达谱（训练集1）

PRJNA193344 数据集收录了人肝细胞癌（HCC）的基因表达谱，属于肿瘤/肝癌分类，来源于 NCBI。该数据集共包含 87 份组织样本的基因表达谱，其中 48 份为原发性肝细胞癌样本，39 份为非癌组织，样本来自 61 位患者。肝癌组织分别来自 16 位年轻肝细胞癌患者（诊断时年龄不超过 40 岁）和 32 位老年肝细胞癌患者。数据集的主题标签为转录组或基因表达，可用于比较年轻与老年肝细胞癌患者之间的基因表达差异。

【数据集背景】

肝细胞癌在年轻人群中较为罕见，但危害更为严重。相关研究假设年轻肝细胞癌（yHCC，诊断时年龄≤40 岁）患者具有独特的基因和病因学通路，因此将年轻肝细胞癌患者的基因表达谱与老年肝细胞癌患者的基因表达谱进行比较，以探索两者之间的差异。该数据集正是围绕这一研究目的而建立，属于肝细胞癌转录组或基因表达研究的一部分。

【数据内容】

该数据集共包含 87 份组织样本的基因表达谱。按样本类型划分，包括 48 份原发性肝细胞癌样本和 39 份非癌组织样本。按患者来源划分，这些样本来自 61 位患者；其中肝癌组织来自 16 位年轻肝细胞癌患者和 32 位老年肝细胞癌患者。数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据类型为转录组或基因表达谱数据。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），数据集英文名称为“PRJNA193344: Gene expression profiles of human hepatocellular carcinoma (training set 1)”。源站描述说明，研究收集了来自 61 位患者的 87 份组织样本的基因表达谱，其中包括 48 份原发性肝细胞癌样本和 39 份非癌组织样本；肝癌组织分别采集自 16 位年轻肝细胞癌患者和 32 位老年肝细胞癌患者。关于具体的样本采集地点、采集时间、测序平台或表达谱检测平台等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肝细胞癌基因表达研究，尤其是比较年轻肝细胞癌患者与老年肝细胞癌患者之间基因表达谱差异的分析。由于数据集同时包含原发性肝细胞癌样本和非癌组织样本，也可用于肝细胞癌组织与非癌组织之间的基因表达比较研究。此外，该数据集可作为肝细胞癌转录组或基因表达相关研究的数据资源，用于探索与年轻肝细胞癌相关的基因和病因学通路。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以基因表达谱形式提供，包含 87 份组织样本的表达数据，样本分组信息包括原发性肝细胞癌与非癌组织，以及年轻肝细胞癌患者与老年肝细胞癌患者。使用者可根据样本分组进行组间基因表达差异比较。关于数据下载方式、文件格式、数据处理流程、标准化方法及分析工具等具体使用说明，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集包含 87 份组织样本的基因表达谱，样本来自 61 位患者，其中肝癌组织来自 16 位年轻肝细胞癌患者和 32 位老年肝细胞癌患者。源站描述未提供关于数据质量评估、样本纳入排除标准、数据完整性或技术验证等方面的详细信息。该数据集名称为“training set 1”，提示其可能属于某个研究项目中的训练集部分，但源站未提供关于该训练集与其他数据集关系的进一步说明。关于该数据集的其他质量与限制信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI，数据集英文名称为“PRJNA193344: Gene expression profiles of human hepatocellular carcinoma (training set 1)”。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及数据共享政策等信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE45267

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA193344

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

年轻受试者中的肝细胞癌（HCC）虽罕见，但更具破坏性。我们假设年轻HCC（yHCC；诊断时≤40岁）患者的基因和病因通路具有独特性。因此，我们比较了yHCC与老年患者HCC之间的基因表达谱。总体设计：在本数据集中，共收集了87份组织样本的基因表达谱，其中包括来自61例患者的48份原发性HCC样本以及39份非癌组织样本。HCC组织采集自16例年轻HCC患者和32例老年HCC患者。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别