基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1518055：Hep3B与HUH7肝癌细胞系RNA测序比较转录组分析

PRJNA1518055 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的转录组学项目，全称为“Comparative transcriptomic profiling of human hepatocellular carcinoma cell lines Hep3B and HUH7 by RNA sequencing”。该项目以人类肝细胞癌细胞系 Hep3B 与 HUH7 为研究对象，采用 RNA 测序技术对二者进行转录组层面的比较分析，旨在刻画两种细胞系在基因表达上的差异特征。项目在分类上归属于肿瘤 / 肝癌方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，即转录组或基因表达。作为 BioProject 体系下的一条记录，它为用户提供了访问该项目所产生多种数据类型链接的统一入口，便于研究者围绕肝癌细胞系的转录组特征开展检索与再利用。

【数据集背景】

肝癌是全球范围内常见的恶性肿瘤之一，对其分子机制的研究依赖于可靠的细胞模型与系统的表达谱数据。人肝细胞癌细胞系 Hep3B 和 HUH7 是肝癌研究中广泛使用的体外模型，对二者进行转录组比较有助于理解不同细胞系在基因表达层面的异同。该项目以 BioProject 形式组织，来源于单一组织或联合体发起的单一研究计划，符合 BioProject 作为“与单一研究计划相关的生物数据集合”的定位。通过将同一项目下产生的多种数据类型汇聚于一条记录，研究者可以从一个统一入口获取与该比较转录组研究相关的数据资源。

【数据内容】

该数据集的核心内容是针对人类肝细胞癌细胞系 Hep3B 和 HUH7 的 RNA 测序所产生的转录组数据，属于基因表达层面的信息。项目的主题标签明确指向“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据主体为转录组或基因表达相关数据。BioProject 记录本身并不等同于具体的测序读段或表达矩阵，而是作为项目级入口，提供指向该项目所生成各类数据的链接。因此，该数据集在内容上表现为一个围绕 Hep3B 与 HUH7 比较转录组分析而组织的项目集合，具体的数据文件类型、样本数量、测序深度等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。项目以 BioProject 编号 PRJNA1518055 进行标识，源站标题为“Comparative transcriptomic profiling of human hepa... (ID 1518055) - BioProject - NCBI”。根据源站描述，BioProject 是由单一组织或联合体发起的、与单一研究计划相关的生物数据集合，其记录为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一位置。除上述来源信息外，关于样本采集地点、时间、伦理审批及具体实验流程等信息，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与分类，该数据集适用于肿瘤 / 肝癌方向的转录组与基因表达研究场景。具体而言，可用于围绕人肝细胞癌细胞系 Hep3B 与 HUH7 的基因表达比较分析，例如作为转录组差异研究的参考数据来源，或用于支持肝癌细胞模型相关的基础研究。由于 BioProject 记录提供指向多种数据类型的链接，该数据集也可作为数据检索与资源定位的入口，帮助研究者发现同一项目下的相关数据。除上述由主题标签与分类所支持的一般性用途外，其他具体应用场景源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过 NCBI BioProject 体系进行访问，用户可依据项目编号 PRJNA1518055 在 ncbi.nlm.nih.gov 上定位到对应记录。BioProject 记录的作用是提供单一入口，以便查找该项目所生成的多种数据类型之间的链接。因此，典型的使用方式是通过该记录跳转至项目关联的具体数据资源，再进行后续的下载与分析。关于数据的具体下载格式、分析流程、软件工具及参数设置等信息，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于项目级记录，其描述强调为多种数据类型提供统一链接入口。需要说明的是，BioProject 记录本身并不直接包含测序读段或表达定量结果，具体数据的质量取决于其所链接的底层数据资源。关于该项目的样本量、测序质量、数据完整性、批次效应及潜在偏差等信息，源站未提供。此外，该数据集基于 Hep3B 与 HUH7 两种细胞系，属于体外模型研究，其结论向临床或体内情境的外推需谨慎，但源站未就此类限制给出具体说明。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，项目编号为 PRJNA1518055。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制及授权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE344966

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1518055

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝细胞癌(HCC)是一种高度异质性的恶性肿瘤，而特性明确的体外细胞系模型是阐明其分子发病机制的基础。Hep3B和HUH7是两种广泛应用的人HCC细胞系，具有不同的遗传背景、形态学特征和致癌依赖性。为系统探究这两个模型之间直系同源基因的表达水平是否存在显著差异，我们对在相同培养条件下指数生长的Hep3B(实验组，命名为3B-1/2/3)和HUH7(对照组，命名为7H-1/2/3)细胞提取的总RNA进行了高通量RNA测序(RNA-seq)，每种细胞系设三个独立的生物学重复。我们的数据揭示了Hep3B和HUH7细胞之间存在广泛的转录异质性。为进一步解读所鉴定差异表达基因(DEGs)的生物学意义，我们进一步开展了功能富集分析，包括GO和KEGG通路富集(GOSeq v1.34.1)以及基因集富集分析(GSEA，gseapy v1.1.9)。

其他分析包括可变剪接事件（rMATS v4.1.0）、新转录本预测（StringTie v1.3.3b和Cuffcompare v2.2.1）、单核苷酸变异（SNV）检测（Sentieon v202503）以及差异外显子使用（DEXSeq v1.20.1）。该数据集为剖析控制这两种HCC模型不同表型的遗传机制以及指导肝癌研究中适当的细胞系选择提供了基础资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别