基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1464453：单细胞转录组揭示KLF2限制肝细胞癌肿瘤细胞可塑性

PRJNA1464453 是一个来自 NCBI BioProject 的生物学项目数据集，其英文全称为“Single-cell transcriptomic profiling reveals that KLF2 limits tumor cell plasticity in hepatocellular carcinoma”。该数据集围绕肝细胞癌展开，采用单细胞转录组分析手段，旨在揭示 KLF2 在限制肿瘤细胞可塑性方面的作用。从主题标签来看，该项目归属于“Transcriptome or Gene expression”方向，本站将其归类为肿瘤 / 肝癌领域。整体而言，该数据集为研究肝细胞癌中肿瘤细胞可塑性的调控机制提供了单细胞层面的转录组数据资源，适合关注肝癌分子机制、单细胞测序应用以及 KLF2 功能研究的科研人员参考使用。

【数据集背景】

肝细胞癌是常见的恶性肿瘤之一，肿瘤细胞可塑性在肿瘤进展、异质性形成及治疗抵抗中扮演重要角色。该数据集所对应的 BioProject 项目，正是围绕肝细胞癌中肿瘤细胞可塑性这一主题展开，通过单细胞转录组分析来探索 KLF2 在这一过程中的限制作用。项目标题明确指向“KLF2 limits tumor cell plasticity in hepatocellular carcinoma”，说明其研究焦点在于 KLF2 对肝癌细胞可塑性的调控关系。NCBI BioProject 作为生物数据集合的登记平台，为该项目提供了统一的入口，便于用户查找与该项目相关的多种数据类型。该项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据核心属于转录组或基因表达范畴。

【数据内容】

该数据集的主题为单细胞转录组分析，研究内容聚焦于 KLF2 对肝细胞癌肿瘤细胞可塑性的限制作用。根据源站描述，BioProject 记录本身是一个生物数据的集合，来源于单一机构或联盟，旨在为某一项研究计划提供统一的数据查找入口，使用户能够在一个记录中链接到该项目所产生的多种数据类型。因此，该数据集所涵盖的具体数据内容，包括单细胞转录组测序数据的具体样本数量、细胞数目、测序平台、基因表达矩阵等细节，源站未提供。该项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，可确认其数据类型与转录组或基因表达相关。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）的 BioProject 数据库。其 BioProject ID 为 1464453。根据源站描述，BioProject 是来源于单一机构或联盟、与某一项研究计划相关的生物数据集合，BioProject 记录为用户提供单一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。关于该项目的具体提交机构、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及实验设计细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肝细胞癌相关的基础与转化研究，尤其是关注肿瘤细胞可塑性和单细胞转录组分析的研究方向。具体而言，可用于探索 KLF2 在肝细胞癌中对肿瘤细胞可塑性的限制作用，也可作为单细胞转录组数据分析方法的应用案例。此外，由于该数据集归属于“Transcriptome or Gene expression”主题，亦可为基因表达调控研究提供参考。关于该数据集在其他具体场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库进行访问，其项目 ID 为 1464453。用户可在 NCBI BioProject 记录中查找与该项目相关的多种数据类型链接。关于数据下载方式、分析流程、软件工具及具体操作步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开的生物学项目记录。关于该数据集的数据质量评估、测序深度、覆盖度、批次效应、样本量大小以及潜在的技术偏差等具体质量指标，源站未提供。此外，该数据集在适用性方面的限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目 ID 为 1464453。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及数据共享政策，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE330471

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1464453

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝细胞癌（HCC）是一种高度异质性的原发性肝脏恶性肿瘤，其恶性进展与肿瘤细胞可塑性密切相关。在上皮来源的肝癌中，上皮-间充质可塑性（EMP），包括上皮-间充质转化（EMT）和部分上皮-间充质转化（pEMT）程序，被认为是肿瘤进展、治疗耐药、复发和转移的关键驱动因素。KLF2被认为在肝癌中发挥抑癌作用，但其在调控HCC肿瘤细胞可塑性中的作用仍不完全清楚。为解决这一问题，我们建立了由c-MYC/AKT驱动的小鼠HCC模型，分别在有或无KLF2过表达的情况下，并对肿瘤组织进行了单细胞RNA测序。小鼠HCC通过流体动力学尾静脉注射pT3-EF1α-c-MYC和pT3-EF1α-AKT质粒以及SB100X转座酶质粒诱导，注射后10周形成肝脏肿瘤。在KLF2过表达组中，额外共注射了pT3-EF1α-KLF2。单细胞RNA测序使用BGI C4平台进行。

该数据集为在单细胞分辨率下表征肝细胞癌（HCC）中的肿瘤细胞可塑性程序及KLF2相关转录变化提供了资源。总体设计：包括两个实验组：对照c-MYC/AKT驱动的HCC肿瘤和过表达KLF2的c-MYC/AKT驱动HCC肿瘤。肿瘤诱导后10周收集肝脏肿瘤。对于scRNA-seq实验，每组两只小鼠的肿瘤组织被解离成单细胞悬液并分别处理。共分析了四个肿瘤样本，包括对照组的两个生物学重复和KLF2过表达组的两个生物学重复。该数据集旨在比较小鼠肝细胞癌中与KLF2过表达相关的细胞组成、肿瘤细胞可塑性相关状态及转录程序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别