基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

人肝细胞癌及癌旁非肿瘤肝组织的单细胞RNA测序揭示病因相关与病因无关的肿瘤微环境特征

该数据集为 NCBI BioProject 收录的人肝细胞癌及癌旁非肿瘤肝组织单细胞 RNA 测序项目，英文名称为“Single-cell RNA sequencing of human hepatocellular carcinoma and adjacent non-tumour liver tissues reveals etiology-associated and etiology-independent tumour microenvironmental features”，源站标题为“Single-cell RNA sequencing of human hepatocellular... (ID 1444132) - BioProject - NCBI”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，本站分类归入肿瘤 / 肝癌，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。从名称可以看出，该项目围绕人肝细胞癌及其邻近非肿瘤肝组织开展单细胞转录组层面的测序研究，旨在揭示肿瘤微环境中与病因相关以及与病因无关的特征。整体而言，该数据集属于转录组或基因表达范畴，可为肝癌微环境异质性、病因学差异及相关机制研究提供单细胞分辨率的数据基础。

【数据集背景】

肝细胞癌是常见的恶性肿瘤之一，其发生发展往往与多种病因背景相关，不同病因导致的肿瘤在微环境组成和分子特征上可能存在差异。该数据集以人肝细胞癌及癌旁非肿瘤肝组织为研究对象，采用单细胞 RNA 测序技术，试图从单细胞层面刻画肿瘤微环境特征，并区分与病因相关和与病因无关的微环境表现。源站描述指出，BioProject 是针对某一项研究计划所生成的生物数据的集合，通常来自单一机构或联合体，并为用户提供统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集即属于此类项目记录，主题标签为转录组或基因表达。

【数据内容】

该数据集的核心内容为人肝细胞癌组织与癌旁非肿瘤肝组织的单细胞 RNA 测序数据。其英文名称明确提到，该测序研究旨在揭示与病因相关以及与病因无关的肿瘤微环境特征。主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明数据主要涉及转录组或基因表达层面。本站分类为肿瘤 / 肝癌，说明其应用领域集中在肿瘤学中的肝癌方向。除上述信息外，关于具体样本数量、细胞数目、测序平台、数据量、文件类型等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录于 NCBI BioProject，项目编号为 1444132，英文名称中亦包含 PRJNA1444132 这一项目标识。源站描述说明，BioProject 记录为用户提供查找某一项目所生成多种数据类型的统一入口。该项目的标题在源站中显示为“Single-cell RNA sequencing of human hepatocellular... (ID 1444132) - BioProject - NCBI”。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、机构来源等，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和分类，该数据集适用于转录组或基因表达相关研究，尤其是肝癌肿瘤微环境的单细胞层面分析。其名称提示可支持探索与病因相关及与病因无关的肿瘤微环境特征，因此可能用于比较不同病因背景下肝细胞癌微环境组成的差异、识别特定细胞亚群或表达特征等研究方向。此外，作为 BioProject 记录，它也可作为入口链接到该项目产生的其他数据类型。关于具体分析流程、推荐工具或下游应用案例，源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过 NCBI BioProject 提供访问，用户可依据项目编号 1444132 或项目英文名称中的 PRJNA1444132 在 ncbi.nlm.nih.gov 上查找该记录。源站描述指出，BioProject 记录提供统一入口以链接项目产生的多种数据类型。关于数据下载方式、文件格式、是否需要申请权限、配套分析代码或处理流程等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录的项目记录，主题标签为转录组或基因表达，本站分类为肿瘤 / 肝癌。其名称表明研究聚焦于人肝细胞癌及癌旁非肿瘤肝组织的单细胞 RNA 测序，并关注病因相关与病因无关的微环境特征。关于数据质量评估指标、批次效应、样本量、测序深度、覆盖度、验证实验等，源站未提供。因此，在使用时需注意源站未提供相关质量与限制说明。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE326201

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1444132

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝细胞癌（HCC）发生于多种病因背景之下，然而肿瘤微环境在多大程度上由病因相关程序与病因无关程序所塑造，目前仍未完全阐明。本数据集旨在支持在单细胞分辨率下探究人HCC及其周围肝脏微环境的细胞结构。通过对肿瘤及邻近非肿瘤肝组织进行分析，该研究为检查恶性细胞、免疫细胞、基质细胞和肝实质细胞群体，以及研究HCC肿瘤微环境中共享特征和病因相关特征提供了资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别