PRJNA1419837：苯丙氨酸重编程MASH-HCC中TLS成熟与浆细胞分化 [scRNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1419837

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数据说明

代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）是肝细胞癌（HCC）一个快速增长的病因，并与不良临床结局及对免疫检查点抑制剂反应有限相关。新出现的证据表明，肿瘤微环境中的免疫失调促进了疾病进展；然而，区分MASH相关HCC与非MASH HCC的转录程序仍未被完全阐明。为弥补这一空白，我们对从MASH和非MASH肿瘤组织中分离的总RNA进行了bulk RNA测序。该数据集的生成旨在实现对与MASH驱动的肝癌发生相关的肿瘤内在和免疫相关通路进行比较转录组分析，尤其与免疫组织、代谢应激反应及肿瘤-免疫相互作用相关。所得RNA-seq数据为研究可能导致MASH-HCC免疫功能障碍的免疫细胞相关基因特征、代谢通路和微环境特征的改变提供了资源。总体设计：C3H小鼠被喂食60%千卡高脂饮食（HFD；Research Diets, Inc.）8周。

为诱导非酒精性脂肪性肝炎（NASH），随后将小鼠转换为一种改良的蛋氨酸和胆碱缺乏（MCD）饮食，该饮食配方设计为60%千卡来自脂肪（Research Diets, Inc.）。年龄和性别匹配的对照组小鼠则维持非NASH对照饮食。在肿瘤接种前，通过标准组织学和代谢评估确认饮食干预后NASH表型的建立。确认NASH后，NASH组和对照组的小鼠均皮下接种HCA-1小鼠肝细胞癌细胞系。监测并测量肿瘤生长4周。在实验终点，收获肿瘤，在液氮中速冻，并储存在−80°C直至处理。对于RNA提取，冷冻的肿瘤组织被

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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