PRJNA1114786：单细胞分辨率下免疫检查点阻断耐药中T细胞耗竭的转录调控[ex vivo-scRNA]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1114786

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤特异性CD8+ T淋巴细胞对抗癌免疫至关重要，但在免疫抑制性肿瘤微环境中可能丧失细胞毒性功能。免疫检查点阻断（ICB），如抗PD-1治疗，能够增强并延长抗肿瘤T细胞应答。尽管其临床应用广泛，部分患者仍会出现ICB耐药，其特征为耗竭性T细胞（Tex）的增殖。在此，我们建立了两种单细胞小鼠肝细胞癌（HCC）模型，以探索ICB耐药下Tex的调控网络。我们揭示了长期ICB治疗后不同的T细胞组成，包括早期和终末期Tex亚群，并阐明了Tex亚群的分化轨迹。最后，我们不仅确定了转录因子Runx2及其下游靶点在两种模型中促进T细胞耗竭的作用，还发现ICB应答与人类肿瘤浸润淋巴细胞中Runx2水平相关。这些发现阐明了Runx2在长期ICB治疗下调控T细胞耗竭，影响ICB疗效，并为HCC中ICB联合治疗的潜在靶点提供了建议。

总体设计：为生成耗竭的CD8+ T细胞，我们使用了P14小鼠，其CD8+ T细胞能够特异性识别gp33肽，通过反复使用gp33肽刺激脾细胞以诱导CD8+ T细胞耗竭。在不同条件下，我们分别生成了四种类型的T细胞：初始型、活化型、耗竭型（72小时）和耗竭型（96小时）。各组CD8+ T细胞通过细胞分选仪（BD FACSAria III）收集，并分离用于单细胞多组学测序，包括scRNA-seq和scATAC-seq。测序前，CD8+ T细胞经核分离处理，随后按照制造商说明使用Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression试剂盒（10x Genomics）。随后在Illumina NovaSeq 6000平台上进行测序，生成单细胞多组学数据集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。