PRJNA1114710：去泛素化酶USP28维持PPARγ表达及其失活保护小鼠免受饮食诱导的NASH和肝癌
该数据集来自NCBI BioProject（ID 1114710），主题为转录组或基因表达，属于肿瘤/肝癌分类。数据集围绕去泛素化酶USP28维持PPARγ表达及其失活保护小鼠免受饮食诱导的NASH和肝癌这一研究主题，收录相关生物学数据
基本信息
资源简介
PRJNA1114710：去泛素化酶USP28维持PPARγ表达及其失活保护小鼠免受饮食诱导的NASH和肝癌
该数据集对应 NCBI BioProject 编号 1114710，英文标题为“The Deubiquitinase USP28 Maintains the Expression of PPARγ and Its Inactivation Protects Mice from Diet-Induced NASH and Hepatocarcinoma”。从标题可以看出，这一项目围绕去泛素化酶 USP28 与 PPARγ 表达维持之间的关系展开，并涉及 USP28 失活对饮食诱导的小鼠 NASH（非酒精性脂肪性肝炎）及肝癌的保护作用。数据集在主题上归入转录组或基因表达方向，本站分类为肿瘤 / 肝癌，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。作为一个 BioProject 记录，它汇集了与上述单一研究计划相关的生物学数据，为用户提供统一入口以查找该项目产生的多种数据类型。整体而言，该数据集适合关注肝脏肿瘤发生机制、NASH 向肝癌进展以及泛素化/去泛素化调控的研究者参考使用。
【数据集背景】
该数据集源自 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 是围绕单一研究计划组织起来的生物学数据集合，这些计划通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录的作用是为用户提供一个统一的位置，以便找到该项目所生成的多种数据类型。就本项目而言，其研究主题聚焦于去泛素化酶 USP28 对 PPARγ 表达的维持作用，以及 USP28 失活后对饮食诱导的小鼠 NASH 和肝癌所产生的保护效应。这一主题同时涉及转录调控、蛋白质稳定性与肝脏疾病进展等多个层面，因此被归入转录组或基因表达的主题标签之下，并在本站分类中落入肿瘤 / 肝癌方向。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，即转录组或基因表达。结合项目标题可知，其数据与 USP28、PPARγ 表达维持以及饮食诱导的 NASH 和肝癌模型相关。BioProject 记录本身并不限定单一数据类型，而是作为该项目所产生数据的汇总入口，用户可通过该记录找到与之关联的多种数据。关于具体包含哪些样本、采用何种测序平台、数据文件的数量与格式等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录标识为 BioProject ID 1114710。该记录由 NCBI 的 BioProject 数据库维护，属于围绕单一研究计划汇集的数据集合。关于样本采集的具体组织类型、动物模型细节、实验地点与时间等信息，源站未提供。
【适用场景】
基于其主题标签与分类，该数据集可用于转录组或基因表达相关的分析场景，例如围绕 USP28 与 PPARγ 调控关系的数据检索与整合；也可用于肿瘤 / 肝癌方向的研究参考，特别是与饮食诱导的 NASH 及肝癌模型相关的基因表达研究。此外，由于 BioProject 提供统一入口以链接同一项目的多种数据类型，该数据集也适合作为项目级数据发现与关联检索的起点。关于具体的分析流程或验证性用途，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1114710）访问该项目，并借助记录中的链接查找该项目生成的不同数据类型。关于数据下载方式、文件组织格式、配套分析工具或处理流程等具体操作说明，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 项目级记录，其定位是汇集与单一研究计划相关的生物学数据并提供统一查找入口，而非对数据质量进行评价。关于数据完整性、测序深度、样本量、质控指标等质量相关信息，源站未提供。使用时应结合项目标题所限定的研究范围理解其适用边界；关于其他限制条件，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1114710
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
非酒精性脂肪性肝炎（NASH）是非酒精性脂肪性肝病的进展性形式，是全球肝病的主要病因之一，并可进一步进展为肝硬化和肝癌。然而，NASH的发病机制尚不清楚，目前仅有一种FDA批准的治疗药物；因此，迫切需要新的治疗策略。在高脂饮食或肥胖条件下，肝脏中的PPARγ被激活，促进脂质以脂滴形式储存，诱导NASH的进展。我们发现，NAFLD/NASH患者肝脏中USP28的表达水平升高。通过饮食诱导，包括蛋氨酸-胆碱缺乏（MCD）饮食和西方饮食（WD）联合腹腔注射四氯化碳（CCl4），我们建立了两种严重的NASH小鼠模型，并揭示了去泛素化酶USP28的作用。机制上，肝脏去泛素化酶USP28直接结合PPARγ，阻止其自身的泛素化和降解，从而调控其下游信号通路。
在缺乏Usp28或DUB受到抑制的情况下，PPARγ下调，PPAR信号通路受到抑制，使细胞能够对过量脂肪产生防御反应。Usp28的基因和药理学失活均显著减轻了MCD饮食或WD-CCl4方案诱导的NASH表型，以及WD-CCl4诱导的小鼠肝细胞癌。总体设计：我们构建并利用了USP28全身敲除小鼠，以建立由甲硫氨酸-胆碱缺乏（MCD）饮食诱导的非酒精性脂肪性肝炎（NASH）小鼠模型。从8周龄开始用MCD饮食喂养小鼠4周后收集肝组织，提取mRNA进行RNA-seq测序以获得数据。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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