PRJNA1083871:细胞穿透肽P-T3H2通过稳定HNF4α蛋白抑制肝癌恶性程度

该数据集来自NCBI BioProject(ID 1083871),主题为转录组或基因表达,属于肿瘤/肝癌分类。项目围绕细胞穿透肽P-T3H2通过稳定HNF4α蛋白抑制肝癌恶性程度的研究,汇集该计划产生的多种生物数据类型

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1083871: Cell-permeated peptide P-T3H2 inhibits malignancy on hepatocarcinoma through stabilizing HNF4α protein

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1083871:细胞穿透肽P-T3H2通过稳定HNF4α蛋白抑制肝癌恶性程度

PRJNA1083871 是 NCBI BioProject 数据库中收录的一项生物研究计划记录,其研究主题为细胞穿透肽 P-T3H2 通过稳定 HNF4α 蛋白抑制肝癌恶性程度。该数据集在分类上归属肿瘤/肝癌方向,主题标签为转录组或基因表达。BioProject 作为生物数据的汇集入口,将同一项研究计划所产生的多种数据类型集中关联于一条记录之下,便于用户从单一位置检索和访问。该记录来源于 ncbi.nlm.nih.gov,围绕肝癌细胞中 P-T3H2 肽的作用机制研究而组织,适合关注肝癌转录组、基因表达调控及肽类干预研究的用户参考使用。

【数据集背景】

该数据集对应的研究聚焦于肝癌恶性程度的抑制机制,核心研究对象为细胞穿透肽 P-T3H2。研究关注该肽如何通过稳定 HNF4α 蛋白发挥抑制肝癌恶性的作用。这一主题属于肿瘤学中肝癌方向的基础研究范畴,涉及肽类分子干预与转录调控相关蛋白稳定性之间的关联。作为一项 BioProject 记录,它代表由单一组织或联合体发起的单一研究计划,并将该计划产生的各类生物数据链接汇集在一起,为用户提供统一的检索入口。

【数据内容】

该数据集的主题标签为转录组或基因表达,表明其数据内容围绕转录组层面的基因表达信息展开。BioProject 记录本身并不限于单一数据类型,而是汇集该研究计划产生的多种生物数据类型,用户可通过记录中的链接访问这些分散的数据资源。源站未提供具体样本数量、测序平台、数据文件格式及数据体积等细节。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库,源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目标识为 ID 1083871。BioProject 的定位是汇集与单一研究计划相关的生物数据,这些数据源自单一组织或联合体。源站未提供样本采集地点、采集时间、实验材料来源及具体实验流程等信息。

【适用场景】

基于其主题标签与分类,该数据集可适用于肝癌相关转录组与基因表达研究的参考,例如了解细胞穿透肽 P-T3H2 干预背景下基因表达层面的研究数据组织方式,或作为肝癌机制研究中转录组数据检索的入口。由于 BioProject 汇集多种数据类型,也可用于跨数据类型关联查找同一研究计划下的相关资源。源站未提供更具体的适用场景说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录(ID 1083871)访问该研究计划的汇总信息,并借助记录中提供的链接定位该计划产生的各类生物数据。源站未提供具体的数据下载方式、分析流程或使用教程。

【质量与限制】

该记录为 BioProject 层面的研究计划汇总条目,其价值在于集中关联同一计划下的多种数据类型,而非直接提供经过统一处理的分析结果。源站未提供数据质量评估、质控指标或已知局限性说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1083871

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的:肝细胞核因子4α(HNF4α)是肝细胞功能的关键调控因子,通过诱导肝癌细胞向肝细胞分化,对肝细胞癌(HCC)具有显著的治疗作用。我们前期研究表明,Tribbles同源蛋白3(TRIB3)在非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)中直接与HNF4α相互作用并促进其降解。利用一种名为P-T3H2的细胞穿透肽破坏TRIB3-HNF4α相互作用可稳定HNF4α蛋白。本研究旨在评估P-T3H2在HCC中的抗肿瘤作用。方法:采用蛋白质印迹法和免疫组织化学染色(IHC)评估TRIB3和HNF4α的表达。通过过碘酸-雪夫(PAS)染色和乙酰化低密度脂蛋白(ac-LDL)摄取实验评估HCC细胞的肝功能。采用衰老相关β-半乳糖苷酶(SA-β-gal)活性染色检测HCC细胞的细胞衰老。通过RNA-Seq分析鉴定经P-T3H2肽处理的Huh-7细胞与对照肽P-T3H2-2A处理相比的差异表达基因。

在HCC细胞、Huh-7异种移植小鼠模型、原位模型以及C-MET/ΔN90-β-catenin驱动的HCC模型中,评估了P-T3H2对肝细胞癌恶性程度的影响。结果:在人和小鼠HCC组织中,TRIB3与HNF4α均呈负相关。给予P-T3H2可显著抑制HCC细胞的恶性程度。此外,P-T3H2可稳定HNF4α蛋白,并促进HCC细胞中肝功能的恢复和细胞衰老。RNA-Seq分析表明,P-T3H2增强了HNF4α在HCC中的转录活性。此外,P-T3H2在体内有效抑制了Huh7异种移植和原位小鼠模型中HCC肿瘤的生长。值得注意的是,P-T3H2还抑制了C-MET/ΔN90-β-catenin驱动的HCC模型中的肝癌发生。总体设计:为研究其抑制

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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