基本信息

模态

基因组

任务类型

回归

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

ABHD6野生型与敲除型Huh7肝癌细胞棕榈酸处理RNA测序

PRJNA1074789 是一项收录于 NCBI BioProject 的 RNA 测序数据集，主题标签为转录组或基因表达。该数据集围绕 α/β 水解酶结构域 6（ABHD6）展开，比较 ABHD6 野生型（WT）与敲除型（KO）Huh7 肝癌细胞在有无棕榈酸处理条件下的转录组差异。数据集英文全称为“RNA-sequencing of alpha beta hydrolase domain 6 (ABHD6) wild type (WT) versus knockout (KO) Huh7 hepatoma cells with or without palmitic acid treatment”，本站将其归类于肿瘤／肝癌方向，数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，该数据集提供了以 Huh7 肝癌细胞为模型、针对 ABHD6 基因状态与棕榈酸处理两个变量进行转录组比较的测序资源，可供研究者了解基因表达层面的差异信息。

【数据集背景】

ABHD6 即 α/β 水解酶结构域 6，是该数据集关注的核心基因。数据集以 Huh7 肝癌细胞为实验细胞模型，设置 ABHD6 野生型与敲除型两种基因状态，并叠加有无棕榈酸处理的条件，形成多组比较的转录组研究设计。棕榈酸是一种常见的脂肪酸处理条件，该设计使得研究者可以在同一细胞背景下同时考察 ABHD6 基因状态与棕榈酸处理对基因表达的影响及其可能的交互作用。数据集所属的 BioProject 是 NCBI 对与单一研究计划相关的生物学数据进行汇集的组织形式，该计划可来自单一机构或联合体，BioProject 记录为用户提供查找该项目所产生各类数据的统一入口。

【数据内容】

该数据集的内容为 RNA 测序数据，主题标签为转录组或基因表达，即通过 RNA 测序获取并反映基因表达层面的信息。实验分组覆盖 ABHD6 野生型与敲除型 Huh7 肝癌细胞，并在每组中区分有无棕榈酸处理，从而构成野生型／敲除型与处理／未处理之间的转录组比较。数据集英文名称明确指向上述分组设计。关于样本数量、测序平台、读长、数据量、具体文件格式等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库，源站记录编号为 1074789，数据集标识为 PRJNA1074789。源站标题为“RNA-sequencing of alpha beta hydrolase domain 6 (A... (ID 1074789) - BioProject - NCBI”。源站对 BioProject 的说明指出，BioProject 是与单一研究计划相关的一组生物学数据的集合，该计划源自单一组织或联合体，BioProject 记录为用户提供查找该项目所生成各类数据的单一入口。关于样本采集地点、时间、伦理审批及具体实验操作流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是以 Huh7 肝癌细胞为模型、关注 ABHD6 基因功能以及棕榈酸处理对基因表达影响的研究。研究者可将其用于比较 ABHD6 野生型与敲除型细胞在基础状态及棕榈酸处理条件下的表达差异，也可作为肝癌细胞转录组研究、脂质代谢相关基因表达研究以及基因敲除效应评估的参考数据。关于该数据集在其他具体研究方向上的适用性，源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1074789）作为统一入口，查找该项目所关联的各类数据。关于数据下载方式、文件组织、分析流程及推荐工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 收录的 RNA 测序项目，其数据质量指标、质控结果、批次信息及技术验证情况，源站未提供。使用时应仅基于可获得的数据本身进行评估。关于样本量、重复数及统计效力等信息，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与使用许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1074789

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1074789

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

原发性肝癌每年在全球范围内导致约70万例死亡，在癌症相关死亡率中位居第三，其中肝细胞癌（HCC）占这些肿瘤的绝大多数。近年来，代谢综合征在肝硬化和HCC发生发展中的作用受到重视，因为非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）目前是美国HCC的主要病因之一。我们此前已鉴定脂质水解酶α/β水解酶结构域6（ABHD6）是代谢综合征发生发展的关键介质，并密切参与细胞信号传导，使其成为NAFLD相关HCC研究的理想靶点。在人类受试者中，ABHD6在HCC肿瘤核心内的表达高于邻近非肿瘤组织。采用体内反义寡核苷酸（ASO）驱动的敲低方法，我们已证明抑制ABHD6可阻止肥胖/NAFLD驱动的小鼠模型中HCC的发生和进展。此外，使用人Huh7细胞系的异种移植模型显示，ABHD6基因缺失和小分子抑制可减少肿瘤定植和生长。

ABHD6敲除细胞显示双(单酰甘油)磷酸酯（BMPs）水平升高，这类脂质与高脂饮食诱导的溶酶体功能障碍相关；在饱和脂肪酸诱导脂毒性的体外模型中，敲除细胞还表现出自噬和溶酶体活性的改变。这些研究揭示了NAFLD向HCC进展的新型脂质信号机制，并为ABHD6作为HCC潜在治疗靶点提供了支持。总体设计：在基础培养基中（即处理前）以及棕榈酸处理24小时和48小时后，分别收集HUH7野生型和ABHD6敲除细胞的RNA。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别