GSE222642:索拉非尼经RBM20介导肌节与线粒体基因可变剪接致心脏毒性
研究围绕索拉非尼诱导的心脏毒性,探索RBM20介导的肌节与线粒体基因可变剪接机制。数据可用于分析药物心脏毒性相关的可变剪接事件与基因表达变化,为理解酪氨酸激酶抑制剂心血管副作用提供转录组层面的依据(来源 NCBI)

基本信息
资源简介
GSE222642:索拉非尼经RBM20介导肌节与线粒体基因可变剪接致心脏毒性
Sorafenib induces cardiotoxicity through RBM20 mediated alternative splicing of sarcomeric and mitochondrial genes
该数据集来自NCBI GEO,包含1个文件(GSE222642_series_matrix.txt.gz),主题为高通量测序表达谱,平台GPL25947,物种编号10116。研究围绕索拉非尼诱导的心脏毒性,探索RBM20介导的肌节与线粒体基因可变剪接机制。数据可用于分析药物心脏毒性相关的可变剪接事件与基因表达变化,为理解酪氨酸激酶抑制剂心血管副作用提供转录组层面的依据(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:Jan 11 202。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):酪氨酸激酶抑制剂(TKIs)是一类通过抑制酪氨酸激酶催化的磷酸化而发挥抗肿瘤作用的小分子药物,已用于多种癌症的治疗。索拉非尼作为一种多靶点TKI药物,是晚期肾细胞癌和不可切除肝细胞癌的一线治疗。然而,临床使用中屡有报道称索拉非尼会导致无心脏病史患者发生心脏事件,表明其具有心脏毒性。心脏收缩相关基因的可变剪接发生于心脏发育和心脏疾病过程中,对心脏功能至关重要。然而,可变剪接是否在药物诱导的心脏毒性中发挥作用尚待探索。RBM20是一种重要的心脏特异性剪接因子,其突变可导致扩张型心肌病或其他c
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:GPL25947、10116。本站分类:肿瘤/肝癌。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE222642
【使用注意】
· 源站最后修改于 Dec 07 202,引用时请注意版本时效。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE222642
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
酪氨酸激酶抑制剂(TKIs)是一类通过抑制酪氨酸激酶催化的磷酸化而发挥抗肿瘤作用的小分子药物,已用于多种癌症的治疗。索拉非尼作为一种多靶点TKI药物,是晚期肾细胞癌和不可切除肝细胞癌的一线治疗药物。然而,临床使用中屡有报道索拉非尼在无心脏病史的患者中引发心脏事件,提示其具有心脏毒性。心脏收缩相关基因的可变剪接发生于心脏发育和心脏疾病过程中,对心脏功能至关重要。然而,可变剪接是否在药物诱导的心脏毒性中发挥作用尚待探索。RBM20是一种重要的心脏特异性剪接因子,其突变可导致扩张型心肌病或其他心脏功能障碍。Rbm20还介导心脏收缩所必需基因的可变剪接,而这一过程在药物诱导的心脏毒性中常受到负面影响。
现有研究尚未完全阐明索拉非尼心脏毒性的机制,也未见关于索拉非尼心脏毒性与组织特异性剪接因子(如Rbm20)介导的选择性剪接之间关系的报道。为探究心脏特异性选择性剪接是否在索拉非尼诱导的心脏毒性中发挥作用,我们建立了心脏毒性的细胞和动物模型,并获得以下结果:(1)通过构建给予索拉非尼的大鼠动物模型,我们发现索拉非尼导致大鼠心脏功能异常,且大鼠心脏中发生选择性剪接的基因与肌动蛋白细胞骨架相关;(2)在人诱导多能干细胞来源心肌细胞(hiPSC-CMs)中,索拉非尼诱导的选择性剪接基因富集于肌节、肌动蛋白丝、钙瞬变调控、线粒体,这些均为关键
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失?
依托陕西、四川两大基地,我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系,覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程,为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务?立即联系我们获取专业方案。




