蛋白质paucimannosylation是人类癌症的新型N-糖基化特征

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD014271

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数据说明

尽管异常蛋白糖基化已被认为是人类癌症的一个特征，但糖分析学的进展仍在不断发现糖蛋白与肿瘤发生之间的新关联。这项以糖组学为中心的研究探讨了蛋白贫甘露糖化（paucimannosylation）——一类研究不足的人类N-糖基化形式[Man1-3GlcNAc2Fuc0-1]——与人类癌症之间可能存在的联系。我们基于本实验室十年来收集的467份PGC-LC-MS/MS数据集，准确测定了34种癌细胞系和133份组织样本（涵盖11种常见癌症类型及匹配的非癌标本）N-糖组中贫甘露糖苷聚糖（PMGs）的分布。PMGs，尤其是α1,6-岩藻糖基化的双甘露糖化和三甘露糖化N-聚糖，是29种癌细胞系的显著特征，但PMG水平在所研究的癌症类型之间及内部差异巨大（1.0%–50.2%）。对配对（肿瘤/非肿瘤）及分期分层组织队列的分析表明，PMGs在包括肝癌和结直肠癌在内的四种癌症类型的肿瘤中显著富集，并随前列腺癌和慢性淋巴细胞白血病的进展而增加。

采用免疫荧光技术证实了癌细胞表面存在少甘露糖苷化蛋白的表达，而定量蛋白质组学则揭示了β-氨基己糖苷酶在生物合成中的参与。本文报道的蛋白质少甘露糖苷化与人类癌症之间引人关注的关联，值得进一步探索，以详细阐明少甘露糖苷化在肿瘤发生和转移中的生物合成、细胞定位、载体蛋白及其功能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。