PRJNA955181：单细胞转录组测序用于儿童急性淋巴细胞白血病细胞功能药敏检测以映射细胞药物反应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA955181

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

功能精准医学（FPM）旨在利用个体癌细胞的特异性特征，将合适的患者与合适的药物相匹配。近年来，FPM 得到了能够进行高通量离体药物分析以量身定制个体患者治疗的技术的推动。在此，我们提出了一项概念验证研究，该研究构建了一个集成实验系统，将离体治疗反应与单细胞基因表达输出相结合，使得能够在一次单细胞测序实验中条形码标记多种药物条件。我们使用糖皮质激素耐药的 E/R+ REH 细胞作为细胞模型，对药物耐药性进行功能注释，并评估了三种不同的单细胞转录组测序（scRNA-seq）方法。利用该集成系统，我们证明所有 scRNA-seq 方法均准确反映了系统中的基因表达变化，具有高细胞回收率和不同药物条件的准确标记。此外，我们鉴定出对氟达拉滨（一种对高危 ALL 治疗特别感兴趣的药物）的显著单细胞转录反应。

总体设计：我们以糖皮质激素耐药的E/R+ REH细胞作为细胞模型，对耐药性进行功能注释，并评估三种不同的单细胞转录组测序（scRNA-seq）方法。根据FMCA测定的剂量反应曲线选择了五种条件。使用三种不同方法对处理后的细胞进行单细胞测序，即Parse Evercode WTK、MULTI-seq和10x Chromium Fixed RNA Profiling。我们研究了特定药物条件是否影响所回收单细胞的基因表达谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。