基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA93877：MLL-AF9通过激活干细胞程序将定向祖细胞转化为白血病干细胞（实验2）

该数据集来自 NCBI，属于肿瘤/白血病主题，聚焦 MLL-AF9 融合蛋白将小鼠定向粒细胞-巨噬细胞祖细胞转化为白血病干细胞的过程。研究将人类急性髓系白血病中 t(9;11)(p22;q23) 所编码的 MLL-AF9 融合蛋白导入小鼠定向粒细胞-巨噬细胞祖细胞（GMP），所得白血病中含有免疫表型类似正常 GMP、且高度富集白血病干细胞（LSC）的细胞。数据集主题标签为转录组或基因表达，可用于比较正常造血干细胞、定向祖细胞与 LSC 群体之间的基因表达特征。

【数据集背景】

白血病及其他癌症中存在一小群具有自我更新能力的稀有细胞，根除这些癌症干细胞可能是实现长期无癌生存的必要条件。正常干细胞与癌症干细胞均具备自我更新能力，因此癌症干细胞在多大程度上类似于正常组织干细胞，是开发靶向治疗时必须回答的关键问题。该研究正是围绕这一问题展开：把人类急性髓系白血病中发现的 t(9;11)(p22;q23) 所编码的 MLL-AF9 融合蛋白引入小鼠定向粒细胞-巨噬细胞祖细胞（GMP），观察其转化后果。

【数据内容】

数据集的主题标签为转录组或基因表达，说明其内容属于基因表达层面的数据。源站描述指出，研究对正常造血干细胞（HSC）、定向祖细胞以及 LSC 群体进行了详细的基因表达比较，结果显示 LSC 在整体上更为相似（源站描述在此处截断，未给出完整结论）。由此可知，数据集涉及上述几类细胞群体的表达谱比较，用于刻画 MLL-AF9 导入 GMP 后产生的白血病干细胞与正常干细胞、定向祖细胞之间的关系。除主题标签与上述比较对象外，源站未提供具体的样本数量、测序平台、数据文件类型等信息。

【采集与来源】

数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为“PRJNA93877: MLL-AF9 transforms committed progenitors to leukemia stem cells by activation of a stem cell program (expt 2)”。从名称可知其为该研究中的实验 2。实验体系为小鼠：将 MLL-AF9 融合蛋白导入小鼠定向粒细胞-巨噬细胞祖细胞（GMP），所得白血病细胞免疫表型类似正常 GMP，并高度富集白血病干细胞。关于样本采集的具体时间、地点、操作流程及测序细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与实验设计，该数据集适用于白血病干细胞相关研究，例如比较正常造血干细胞、定向祖细胞与白血病干细胞之间的基因表达差异，考察 MLL-AF9 转化过程中干细胞程序激活的表达特征，以及探索癌症干细胞与正常组织干细胞相似性这一关键问题。它也可作为转录组或基因表达分析的数据资源，用于与同类白血病干细胞研究进行对照参考。需要说明的是，这些用途均围绕源站描述所提及的研究目标与比较对象展开，源站未提供针对特定分析流程的适用性说明。

【使用方法】

源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、覆盖度、批次效应或技术偏差的说明。可确认的限制是：源站描述在“LSC were globally more similar”处截断，完整结论未给出；数据集名称标明为实验 2，提示其可能属于同一研究的多个实验之一，但源站未提供其他实验的信息。使用时应以源站原始记录为准。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE3722

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA93877

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

白血病及其他癌症中存在一小群具有自我更新能力的稀有细胞，而根除这些癌症干细胞很可能是实现长期无癌生存的必要条件。鉴于正常干细胞和癌症干细胞均具备自我更新能力，若要开发靶向治疗，癌症干细胞与正常组织干细胞的相似程度便成为一个关键问题。我们将人类急性髓系白血病（AML）中由t(9;11)(p22;q23)编码的MLL-AF9融合蛋白导入小鼠定向粒-巨噬祖细胞（GMP）中。所得白血病所含细胞的免疫表型与正常GMP相似，且高度富集白血病干细胞（LSC）。对正常造血干细胞（HSC）、定向祖细胞及LSC群体进行详细的基因表达比较显示，LSC整体上比任何其他群体都更接近正常GMP。然而，一组在正常干细胞中高表达的基因在LSC中被重新激活。

这些数据表明，白血病干细胞（LSC）可由定向祖细胞产生，而无需广泛的基因表达重编程，并且在此过程中激活了与白血病自我更新相关的特征性表达谱。我们的发现定义了从正常造血祖细胞向白血病干细胞的演变过程，并提示靶向在异常背景下表达的自我更新程序可能是可行的。关键词：MLL、干细胞、白血病干细胞总体设计：分离了正常造血干细胞富集群体、共同髓系祖细胞、粒细胞巨噬细胞祖细胞、巨核细胞祖细胞以及白血病干细胞（白血病性粒细胞巨噬细胞祖细胞），并将标记RNA杂交至Affymetrix微阵列。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别