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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA93839：牛樟芝提取物处理KG-1细胞的cDNA微阵列基因表达谱研究

PRJNA93839 数据集聚焦于牛樟芝（Antrodia Camphorata）提取物处理人急性髓系白血病细胞系 KG-1 后的基因表达谱研究。牛樟芝在台湾是知名的民间药用真菌，被认为具有抗癌与抗炎作用。该研究以 KG-1 细胞为实验模型，结合草药鉴定、紫外-可见分光光度法、高效液相色谱（HPLC）、电感耦合等离子体质谱（ICPMS）与 DNA 微阵列技术，构建了高通量基因筛选整合平台，并据此建立了实用的定量方法以及草药材料的有机/无机化学指纹图谱。研究同时比较了经不同牛樟芝菌丝体提取物（水提物与甲醇提取物）处理后 KG-1 细胞的全局基因表达模式，并进一步探讨了若干可能的生物学反应与相关机制。该数据集归属于肿瘤/白血病分类，主题为转录组或基因表达，来源于 NCBI。

【数据集背景】

牛樟芝作为台湾民间药用真菌，其抗癌与抗炎作用广为人知，但缺乏系统化的科学评价手段。该研究以人急性髓系白血病细胞系 KG-1 为实验模型，旨在通过整合多种分析技术建立高通量基因筛选平台，从草药鉴定、化学成分表征到基因表达层面，对牛樟芝提取物的生物学效应进行系统研究。研究还致力于开发实用的定量方法，并为草药材料建立有机/无机化学指纹图谱，从而为牛樟芝的标准化与机制研究提供科学基础。

【数据内容】

该数据集的核心内容是经牛樟芝菌丝体提取物处理后的 KG-1 细胞全局基因表达谱。研究比较了水提物与甲醇提取物两种处理条件下细胞的基因表达模式，属于转录组或基因表达主题。数据依托 cDNA 微阵列技术产生，配合草药鉴定、紫外-可见分光光度法、HPLC 与 ICPMS 等分析手段，形成从化学指纹到基因表达的综合数据体系。关于数据的具体样本数量、基因数目、文件格式与数据量，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。实验以人急性髓系白血病细胞系 KG-1 为模型，采用牛樟芝菌丝体的水提物与甲醇提取物进行处理，并通过 cDNA 微阵列检测基因表达。研究平台整合了草药鉴定、紫外-可见分光光度法、高效液相色谱、电感耦合等离子体质谱与 DNA 微阵列技术。关于样本采集时间、地点、伦理审批及具体实验批次等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于白血病相关基因表达研究，尤其是急性髓系白血病细胞系对药用真菌提取物响应的转录组分析；可用于比较不同溶剂提取物（水提与甲醇提取）的基因表达差异，支持牛樟芝抗癌与抗炎作用的机制探索；也可为草药材料的化学指纹图谱与基因表达整合分析提供参考。关于该数据集在其他疾病或细胞类型中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI 公共数据平台获取与检索，具体访问编号为 PRJNA93839。使用者可结合源站提供的实验描述理解数据处理流程与分组设计。关于数据下载格式、预处理步骤、分析软件与参数设置等具体使用说明，源站未提供。

【质量与限制】

该研究基于 KG-1 细胞系这一体外模型，其结果不能直接等同于临床或体内效应。数据仅涉及水提物与甲醇提取物两种处理条件，关于其他提取方式或剂量条件的信息，源站未提供。关于数据集的质控指标、重复次数、批次效应与潜在偏倚等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI，访问编号为 PRJNA93839。关于具体的引用文献、作者列表与数据使用许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE3692

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA93839

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

樟芝在台湾作为一种民间药用真菌而广为人知，具有抗癌和抗炎作用。本研究以人急性髓性白血病细胞系KG-1作为实验模型，通过结合药材鉴定、紫外-可见分光光度法、高效液相色谱法（HPLC）、电感耦合等离子体质谱法（ICPMS）和DNA微阵列技术，构建了一个高通量基因筛选集成平台。基于这一科学平台，我们开发了一种实用的定量方法，并建立了药材的有机/无机化学指纹图谱。同时，比较了经不同樟芝菌丝体提取物（水提物和甲醇提取物）处理的KG-1细胞的全局基因表达模式。此外，通过我们的高通量集成平台，鉴定出若干可能的生物学反应及相关标记基因。关键词：KG-1经AC提取物处理4天，cDNA微阵列，生物标志物筛选。总体设计：我们采用最优循环设计来计算基因表达谱。

在本设计中，我们使用来自每个样本的标记RNA标记了三张玻片，共计九个阵列。因此，对于7334个基因中的每一个，数据计算包含了18个测量值（6个样本，每个样本3次重复）。此外，重复的水处理样本被用作内部对照。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别