PRJNA901403：急性髓系白血病干样癌细胞药物敏感性解卷积 [RNA-Seq]
该数据集来自 NCBI，包含 6 个由 HL60、SUDHL4、K562 和 THP1 人白血病细胞系按不同比例混合的体外细胞池的 bulk RNA-seq，以及 4 个纯细胞群的 RNA-seq
![PRJNA901403: Deconvolution of drug screening data delineates drug sensitivity of stem-like cancer cells in Acute Myeloid Leukemia [RNA-Seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/143420.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA901403：急性髓系白血病干样癌细胞药物敏感性解卷积 [RNA-Seq]
该数据集来自 NCBI，包含 6 个由 HL60、SUDHL4、K562 和 THP1 人白血病细胞系按不同比例混合的体外细胞池的 bulk RNA-seq，以及 4 个纯细胞群的 RNA-seq。数据用于支持一种机器学习框架，将 bulk RNA 表达与 bulk 药物敏感性匹配，解卷积为细胞亚型组成和细胞亚型药物敏感性，从而刻画急性髓系白血病中干样癌细胞的药物敏感性。可用于转录组分析、细胞组成解析和药物敏感性预测研究（来源 ncbi.nlm.nih.gov）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：离体药物敏感性筛查（DSS）仅提供细胞混合物的读数，可能掩盖关于临床相关细胞亚型的重要信息。在此，我们开发了一个机器学习框架，将匹配的 bulk RNA 表达与 bulk 药物敏感性解卷积为细胞亚型组成和细胞亚型药物敏感性。我们首先确定我们的方法可以比当前最先进的方法更准确地解析 bulk 样本的细胞组成。然后，我们优化了一种能够估计细胞亚型和单细胞特异性药物敏感性的算法，并通过进行体外药物研究对其进行了评估。总体设计：我们生成了包含 HL60、SUDHL4、K562 和 THP1 人白血病细胞不同比例的体外细胞池。我们为这些细胞系的 6 个混合物生成了 bulk RNA-seq，并为纯细胞群生成了 4 个 RNA-seq。为了构建
【主题与分类】
主题标签：Transcriptome or Gene expression。本站分类：肿瘤/白血病。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA901403
下载信息
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数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA901403
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
离体药物敏感性筛查（DSS）仅提供细胞混合物的读数，可能掩盖关于临床相关细胞亚型的重要信息。在此，我们开发了一个机器学习框架，将匹配的批量RNA表达与批量药物敏感性解卷积为细胞亚型组成和细胞亚型药物敏感性。我们首先确定我们的方法能够比当前最先进的方法更准确地解析批量样本的细胞组成。然后，我们优化了一种能够估计细胞亚型和单细胞特异性药物敏感性的算法，并通过进行体外药物研究对其进行了评估。总体设计：我们生成了包含HL60、SUDHL4、K562和THP1人白血病细胞不同比例的体外池。我们为这些细胞系的6个混合物生成了批量RNA-seq，并为纯群体生成了4个RNA-seq。为了构建参考数据集，我们对这四种细胞系的混合物进行了scRNA-seq。
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