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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA852160：与晚期骨髓纤维化相关的纵向炎症基因表达

PRJNA852160 是一个收录于 NCBI BioProject 的生物学项目数据集，其英文名称为“Longitudinal inflammatory gene expression associated with advanced myelofibrosis”，中文可理解为与晚期骨髓纤维化相关的纵向炎症基因表达数据集。该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，即转录组或基因表达方向，本站将其归类于肿瘤 / 白血病分类之下。从整体定位来看，这一数据集围绕晚期骨髓纤维化这一疾病背景，关注炎症相关基因在纵向维度上的表达情况，属于基因表达类生物学数据资源。其来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，用户可通过 NCBI BioProject 体系获取该项目的相关记录与数据链接。整体而言，该数据集适合作为研究骨髓纤维化炎症机制、基因表达动态变化以及相关肿瘤/血液疾病方向的参考数据入口。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA852160。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目集合机制，用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物学数据，这些计划通常来源于某一个组织或某一个联盟。BioProject 记录的核心作用，是为用户提供一个统一的查找位置，以便获取该项目所产生的多种类型数据。就本数据集而言，其标题明确指出研究对象为“advanced myelofibrosis”，即晚期骨髓纤维化，并强调“longitudinal inflammatory gene expression”，也就是纵向的炎症基因表达。这表明该项目在疾病背景上聚焦于晚期骨髓纤维化，在数据特征上聚焦于炎症相关基因表达随纵向观察而产生的变化。本站将其归入肿瘤 / 白血病分类，说明该数据集在应用方向上与肿瘤学及白血病相关研究存在关联。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容属于转录组或基因表达类型。结合标题可知，数据内容围绕炎症基因表达展开，并具有纵向特征，即可能涉及不同时间点或不同阶段下基因表达情况的记录。不过，关于具体的样本数量、基因数量、表达矩阵结构、时间点设置、测序平台或具体炎症基因列表等信息，源站未提供。因此，无法进一步说明该数据集所包含的详细数据字段、文件格式或数据规模。可以确认的是，其核心内容方向为与晚期骨髓纤维化相关的纵向炎症基因表达数据。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，收录于 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA852160。BioProject 作为项目集合，通常由单一组织或联盟发起，并汇集与同一研究计划相关的多种数据类型。关于该数据集的具体采集机构、研究团队、样本来源地区、采集时间跨度、伦理审批信息以及具体的实验设计细节，源站未提供。因此，无法确认其样本采集地点、受试者信息或具体实验流程。仅能确定其来源平台为 NCBI BioProject，并可通过该平台的项目记录查找相关数据链接。

【适用场景】

基于其主题标签和标题信息，该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是与晚期骨髓纤维化及炎症基因表达相关的分析方向。由于本站将其归类为肿瘤 / 白血病，它也可能作为肿瘤学或白血病研究中涉及基因表达动态变化的参考数据。具体而言，潜在适用场景包括：炎症相关基因表达的模式分析、纵向表达变化的探索、骨髓纤维化疾病机制研究中的转录组数据参考，以及与其他基因表达数据集进行整合分析的入口。但需要注意的是，源站未提供该数据集的具体使用案例、分析结果或验证结论，因此上述适用场景仅基于其主题标签和标题所指示的方向，不应视为该数据集已被证实的具体应用成果。

【使用方法】

该数据集收录于 NCBI BioProject，用户可通过 NCBI 网站访问项目编号 PRJNA852160 对应的记录页面。BioProject 记录的作用是提供统一入口，以便查找该项目产生的多种数据类型。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、预处理步骤、标准化方法或代码示例，源站未提供。因此，无法说明该数据集的具体使用流程或推荐分析工具。用户如需使用，应依据 NCBI BioProject 页面所提供的链接和说明进行访问，具体操作方式需以源站实际提供的信息为准。

【质量与限制】

关于该数据集的质量指标、数据完整性、样本量、测序深度、批次效应、缺失值情况或验证程度，源站未提供。因此，无法对其数据质量进行评价。已知的限制在于，当前可获取的信息主要来自项目标题、主题标签和来源平台描述，缺乏关于实验设计、样本特征和分析结果的详细说明。此外，该数据集标题中提及“advanced myelofibrosis”和“longitudinal inflammatory gene expression”，但源站未提供具体的疾病分期标准、纵向时间点定义或炎症基因范围，因此在使用时需谨慎对待其适用范围。任何关于数据质量或局限性的进一步判断，均需参考源站提供的完整项目记录和原始数据。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE206770

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA852160

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

骨髓纤维化（MF）是一种进行性的骨髓（BM）恶性肿瘤，与单核细胞增多症相关，并被认为促进细胞外基质的病理性重塑。在此，我们展示MF的病理分级与原发患者样本中的炎症基因表达相关。总体设计：查询了布莱根妇女医院（BWH）和马萨诸塞州总医院（MGH）的病理档案，以确定2005年至2016年间通过骨髓活检诊断为骨髓纤维化的患者。排除诊断为骨髓增生异常综合征/MPN重叠疾病以及已进展为急性白血病、因先前癌症诊断接受化疗药物治疗或已接受干细胞移植的患者。组织学审查和纤维化分级由W.W.、R.P.H.和O.P.根据共识，使用2016年WHO修订的髓系肿瘤分类进行。该研究遵循赫尔辛基宣言的原则进行，机构审查委员会豁免了知情同意的要求。

该数据集展示了一位患者从2013年至2016年间，骨髓纤维化从2级进展到3级的示例数据。另一个共享数据集则展示了患者队列中单个时间点的数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别