基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA721935：整合基因组与转录组标记改善急性早幼粒细胞白血病预后预测

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 721935，英文名称为“Integration of genomic and transcriptomic markers improves the prognosis prediction of acute promyelocytic leukemia”，中文可理解为整合基因组与转录组标记以改善急性早幼粒细胞白血病预后预测的相关生物学项目。其来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，本站将其归类于肿瘤 / 白血病方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。从整体定位看，该数据集围绕急性早幼粒细胞白血病这一特定白血病类型，聚焦基因组与转录组标记的整合分析，目标指向预后预测的改进。BioProject 作为 NCBI 提供的项目记录形式，用于汇集与单一研究计划相关的多种生物数据，并为用户提供统一入口以查找该项目所产生的不同类型数据链接。因此，该数据集在组织形态上更接近一个项目级资源入口，而非单一实验表格或单次测序结果。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 721935。源站标题显示其主题为“Integration of genomic and transcriptomic markers ... (ID 721935) - BioProject - NCBI”。从标题和主题标签可以明确，该项目关注的是急性早幼粒细胞白血病，并试图通过整合基因组与转录组两个层面的标记来改善预后预测。BioProject 的通用定位是收集与单一研究计划相关的生物数据，这些数据可来自单一组织或联盟，并为用户提供查找该项目所生成多种数据类型链接的统一位置。因此，该数据集所承载的背景信息，核心在于一个围绕急性早幼粒细胞白血病预后预测的研究计划，以及该计划在 NCBI BioProject 体系中的项目记录。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容与转录组或基因表达相关。项目名称中同时提到基因组与转录组标记的整合，因此其内容方向涉及基因组层面与转录组层面标记的联合使用，以服务于急性早幼粒细胞白血病的预后预测。BioProject 记录本身提供的是指向该项目所生成多种数据类型的链接入口，而非仅限某一种数据形式。关于具体样本数量、测序平台、基因列表、表达矩阵、临床变量、统计模型或预后指标等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目记录标识为 BioProject ID 721935。BioProject 的通用说明指出，一个 BioProject 是收集与单一研究计划相关的生物数据，这些数据源自单一组织或联盟；BioProject 记录为用户提供一个统一位置，以查找该项目所生成的不同数据类型链接。该数据集即属于此类项目记录，其采集与来源信息在项目层级上由 NCBI BioProject 承载。关于具体样本采集地点、时间范围、伦理审批、受试者来源或实验操作流程等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与急性早幼粒细胞白血病预后预测相关的研究场景，尤其是需要整合基因组与转录组标记进行分析的方向。其主题标签“Transcriptome or Gene expression”表明，转录组或基因表达分析是该数据集可能涉及的应用领域之一。同时，由于项目名称强调整合基因组与转录组标记以改善预后预测，该数据集也可作为查找该项目所生成多种数据类型链接的入口，用于定位与该项目相关的数据资源。关于具体可用于哪些分析流程、是否适合临床决策、能否直接用于诊断或治疗指导等，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，用户可通过 BioProject ID 721935 在 NCBI 站点查找该项目，并借助 BioProject 记录所提供的统一入口，获取指向该项目所生成不同数据类型的链接。其主题标签“Transcriptome or Gene expression”可作为检索和筛选时的参考。关于具体下载方式、文件格式、数据处理步骤、分析工具或代码等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于项目级记录。BioProject 的通用说明强调其作用是汇集与单一研究计划相关的生物数据，并提供查找多种数据类型链接的统一位置。因此，其质量与限制需结合具体链接指向的数据类型来判断。关于该项目的样本量、数据完整性、测序深度、批次效应、临床注释准确性、预后模型验证情况等，源站未提供。该数据集标题涉及急性早幼粒细胞白血病预后预测，但源站未提供可直接用于评价其预测性能的指标或结论。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 BioProject ID 721935。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或授权条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE172057

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA721935

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：过去二十年来，急性早幼粒细胞白血病（APL）的当前分层系统基于白细胞（WBC）和血小板计数（即Sanz评分）。然而，不同风险组之间的界限有时模糊不清，对于部分患者而言，早期死亡和复发仍是挑战。此外，随着治疗策略从ATRA-化疗向基于ATRA-ATO的协同靶向治疗演变，需要利用分子标志物进行精确的风险分层。患者与方法：本研究对APL基因组学和转录组学进行了系统分析，以识别主要来自APL2012试验（NCT01987297）的348例患者中的遗传异常，旨在阐明Sanz评分的潜在分子背景并进一步优化它。采用最小绝对收缩和选择算子（LASSO）算法分析323例患者的基因表达，以建立评分系统（即APL9评分）。结果：通过结合NRAS突变、APL9评分与WBC，可将321例患者分层为两组，其结局存在显著差异。

修订后标危组的估计5年总生存率（P = 0.00031）、无事件生存率（P < 0.0001）和无病生存率（P = 0.001）分别为95.6%、93.8%和98.1%，显著优于修订后高危组的82.9%、77.4%和88.4%，这一结果可通过癌症基因组图谱数据集得到验证。结论：我们提出了一种改善APL患者预后的二分类系统。本研究中鉴定的分子标志物也可能为疾病机制提供基因组学见解，从而有助于改进治疗。总体设计：共有348例APL患者（年龄18-65岁；54.3%为男性，45.6%为女性）纳入一项经IRB批准的研究，其中大部分患者（n = 304）来自2012年12月6日至2017年12月31日期间的APL2012临床试验（NCT01987297），以及一小部分

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别