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创建/更新时间

2026-10-23

资源简介

PRJNA700568: CDK9抑制剂通过抑制c-Myc介导的糖酵解代谢诱导急性淋巴细胞白血病凋亡

PRJNA700568 数据集聚焦于急性淋巴细胞白血病（ALL）中 B 细胞型（B-ALL）的能量代谢调控问题，来源于 NCBI。该数据集记录了以 B-ALL 细胞系 REH 为对象、分别经 CDK9 抑制剂 SNS-032 与 DMSO 处理 24 小时后所获得的 RNA 测序数据，旨在探究 CDK9 抑制剂对 B-ALL 细胞糖酵解代谢的干扰作用及其与细胞凋亡之间的关系。数据集归类于肿瘤／白血病方向，主题标签为转录组或基因表达，适合用于分析 CDK9 抑制条件下白血病细胞转录水平的变化。

【数据集背景】

急性淋巴细胞白血病是血液系统常见的恶性疾病，B-ALL 是其重要亚型。CDK9 作为转录调控相关激酶，其抑制剂在白血病治疗研究中受到关注。既有研究提示 CDK9 抑制剂可诱导急性淋巴细胞白血病细胞凋亡，并可能通过抑制 c-Myc 介导的糖酵解代谢发挥作用，但 CDK9 抑制剂对 B-ALL 细胞能量代谢的具体抑制效应尚不明确。该数据集正是针对这一问题而产生：通过转录组测序比较 CDK9 抑制剂处理与对照处理下 B-ALL 细胞的基因表达差异，为理解 CDK9 抑制与糖酵解代谢扰动之间的关系提供数据基础。

【数据内容】

数据集的核心内容是 RNA 测序数据。实验对象为 REH 细胞（B-ALL 细胞系），按照 1×10^6 细胞/毫升的密度接种，分别接受 200 nM SNS-032（一种 CDK9 抑制剂）或 DMSO 处理，处理时间为 24 小时，随后收集细胞进行 RNA 测序。数据可用于比较 SNS-032 处理组与 DMSO 对照组之间的转录组差异，进而分析糖酵解代谢相关基因表达的变化。数据集的主题标签为转录组或基因表达，说明其内容以基因表达层面的测量结果为主。样本数量、测序平台、读长、数据量等具体技术参数源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），编号为 PRJNA700568。源站描述说明了研究目的、实验方法与主要结果：研究目的是明确 CDK9 抑制剂对 B-ALL 细胞能量代谢的抑制效应；方法为 REH 细胞以 1×10^6 细胞/毫升密度接种，经 200 nM SNS-032 或 DMSO 处理 24 小时后收集并进行 RNA 测序；结果显示 CDK9 抑制剂在体外扰乱了 B-ALL 细胞的糖酵解代谢。数据集的完整标题为“CDK9 inhibitor induces the apoptosis of acute lymphocytic leukemia by inhibiting c-Myc-mediated glycolytic metabolism”，表明其研究背景涉及 CDK9 抑制剂通过抑制 c-Myc 介导的糖酵解代谢诱导急性淋巴细胞白血病细胞凋亡这一机制方向。

【适用场景】

该数据集适用于转录组与基因表达分析相关的研究场景，尤其是围绕血液肿瘤能量代谢的探索。具体而言，可用于比较 CDK9 抑制剂处理与对照条件下 B-ALL 细胞的差异表达基因，识别受 CDK9 抑制影响的代谢相关通路，特别是糖酵解相关基因的表达变化；也可作为研究 CDK9 抑制剂作用机制的转录组参考数据，或用于与其它白血病细胞系、其它 CDK9 抑制剂处理条件下的表达数据进行比较分析。此外，对于关注 c-Myc 介导代谢调控与白血病细胞凋亡关系的研究，该数据集可提供处理前后的表达谱基础。

【使用方法】

使用时可依据样本的处理条件（SNS-032 处理组与 DMSO 对照组）进行分组比较，开展差异表达分析，并在此基础上进行通路富集与代谢相关基因集的注释分析，以评估糖酵解代谢通路的表达变化。由于数据集为 RNA 测序数据，常规分析流程包括测序质量评估、比对或定量、表达矩阵构建与统计检验等步骤。具体的原始数据文件格式、样本编号对应关系、参考基因组版本及分析参数源站未提供，使用前需依据源站记录确认。

【质量与限制】

该数据集的实验设计明确，处理条件、细胞系、药物浓度与处理时间均有说明，便于重复性分析与结果解读。但其局限在于：数据仅涉及 REH 一种 B-ALL 细胞系，结论的外推范围有限；实验为体外细胞水平，源站描述亦强调结果来自 in vitro，不能直接等同于体内效应；样本量、重复数、测序深度与数据质控指标源站未提供，因而无法据此评估数据的统计稳健性。此外，数据集围绕糖酵解代谢与凋亡机制，其它代谢途径或信号通路的信息需由使用者自行从数据中分析获得。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI，编号为 PRJNA700568，相关研究标题已在前文给出。数据的具体许可条款、使用限制与正式引用格式源站未提供，使用与再分发前应查阅源站页面获取相应说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE166339

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA700568

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：CDK9i对B-ALL细胞能量代谢的抑制作用尚不清楚。为解决这一问题，我们收集了经SNS-032和DMSO处理的细胞进行RNA测序。方法：将REH细胞以1×10^6个细胞/ml的密度接种，并用200nM SNS-032或DMSO处理24小时。结果：CDK9i在体外扰乱了B-ALL细胞的糖酵解代谢。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别