HOVON129临床试验新诊断浆细胞白血病患者基因表达谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA691607

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该基因表达数据集包含来自HOVON129临床试验中患者的数据。利用这些数据，研究了在新诊断的浆细胞白血病患者中，识别具有侵袭性生物学特征患者的签名与临床参数之间的关系。该数据集用于确定浆细胞白血病中侵袭性疾病签名与临床参数之间的关系。总体设计：分析了57个样本，这些样本取自29名个体患者。样本来源于骨髓穿刺液和外周血样本，使用CD138特异性磁珠对PCL细胞进行富集处理。RNA样本处理按照SkylineDx参考实验室（SkylineDx，鹿特丹，荷兰）的MMprofilers使用说明进行。样本使用Affymetrix公司（加利福尼亚州圣克拉拉）的3’ IVT PLUS试剂杂交至Affymetrix HG-U133 plus2芯片。所有样本均通过了湿实验室和数据QC验收标准。基因表达数据经MAS5.0标准化处理（低于30的值被截断），目标值为1500。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。