PRJNA631929：急性髓系白血病中CIITA甲基化调控HLA II表达的RNA-seq数据集
该数据集来自NCBI，包含急性髓系白血病细胞系经去甲基化药物地西他滨和干扰素γ处理后的RNA测序数据，用于研究这些处理是否诱导HLA II基因表达，并通过对照或靶向CIITA的sgRNA测试HLA II诱导对CIITA的依赖性
基本信息
资源简介
PRJNA631929：急性髓系白血病中CIITA甲基化调控HLA II表达的RNA-seq数据集
PRJNA631929 是一个聚焦于急性髓系白血病（AML）中 HLA II 类分子表达调控机制的 RNA-seq 数据集，全称为“Regulation of HLA II expression in acute myeloid leukemia by CIITA methylation”。该数据集收录于 NCBI，属于肿瘤/白血病分类，主题标签为转录组或基因表达。研究者以急性髓系白血病细胞系为对象，采用去甲基化药物地西他滨和干扰素γ进行处理，并通过 RNA 测序获取转录组数据，以检验这些处理是否诱导 HLA II 基因表达；同时借助对照 sgRNA 或靶向 CIITA 的 sgRNA，考察 HLA II 诱导过程对 CIITA 的依赖性。该数据集为理解表观遗传调控与免疫相关基因表达在白血病细胞中的关联提供了转录层面的实验数据。
【数据集背景】
急性髓系白血病是起源于髓系造血干/祖细胞的恶性血液肿瘤。HLA II 类分子在抗原呈递和免疫识别中发挥重要作用，其表达调控与肿瘤免疫微环境及免疫治疗应答密切相关。CIITA 是 HLA II 类基因转录的关键调控因子，而 CIITA 自身的表达可受到 DNA 甲基化等表观遗传机制的调控。该数据集正是围绕“CIITA 甲基化如何调控急性髓系白血病中 HLA II 表达”这一科学问题而产生：通过去甲基化药物地西他滨处理，结合干扰素γ刺激，观察 HLA II 基因表达是否被诱导，并利用 CRISPR 介导的 CIITA 基因破坏来验证这种诱导对 CIITA 的依赖关系。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 RNA 测序数据，来源于经地西他滨和/或干扰素γ处理的急性髓系白血病细胞系，且这些细胞分别携带对照 sgRNA 或靶向 CIITA 的 sgRNA。数据覆盖的转录组信息可用于评估 HLA II 基因表达变化，以及比较 CIITA 完整与 CIITA 被破坏条件下处理效应的差异。主题标签表明其属于转录组或基因表达类数据。除上述实验设计层面的描述外，源站未提供样本数量、测序平台、读长、数据量等具体技术参数。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。实验材料为急性髓系白血病细胞系，处理条件包括去甲基化药物地西他滨和干扰素γ，并涉及对照 sgRNA 与 CIITA 靶向 sgRNA 两类细胞背景。整体设计为：对上述处理与基因编辑组合下的细胞进行 RNA 测序，以转录组数据回答 HLA II 诱导及其对 CIITA 依赖性的问题。源站未提供具体的细胞系名称、处理浓度与时长、生物学重复数、建库方法及测序平台等信息。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究方向：急性髓系白血病中 HLA II 类基因表达的调控机制研究；DNA 甲基化抑制剂与干扰素γ联合处理对白血病细胞转录组影响的评估；CIITA 在 HLA II 诱导中的功能依赖性验证；以及表观遗传调控与抗原呈递相关基因表达之间关系的探索。对于关注白血病免疫生物学、干扰素信号与去甲基化药物作用机制的科研人员，该转录组数据可作为二次分析或假设生成的参考资源。
【使用方法】
使用时可围绕实验设计中的两个关键变量组织分析：处理条件（地西他滨和/或干扰素γ）与基因背景（对照 sgRNA 或 CIITA 靶向 sgRNA）。典型分析包括差异表达分析以识别处理诱导的基因，重点考察 HLA II 类基因的表达变化；比较 CIITA 完整与破坏条件下诱导效应的差异，以判断 HLA II 诱导对 CIITA 的依赖性；并可结合转录组整体特征进行通路或基因集层面的探索。具体分析流程需依据实际下载的数据类型与格式确定，源站未提供详细的使用说明或分析指南。
【质量与限制】
该数据集基于细胞系模型，实验结论外推至原代白血病细胞或临床样本时需谨慎。源站描述未提供样本量、重复设置、测序深度、数据质控指标等信息，因此无法据此评估数据的统计效力与技术质量。此外，数据仅反映转录组层面的基因表达变化，不直接提供 DNA 甲基化水平或蛋白层面的证据；关于 CIITA 甲基化的具体状态需结合其他数据类型判断。源站未提供其他明确的质量与限制说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用时应遵循 NCBI 及相关数据库的通用数据使用政策，并建议查阅数据集页面获取最新的引用与使用条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA631929
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
急性髓系白血病细胞系经低甲基化药物地西他滨和干扰素γ处理，以研究这些处理是否诱导HLA II类基因表达。使用携带对照sgRNA或靶向CIITA的sgRNA的细胞，以检验HLA II类诱导对CIITA的依赖性。总体设计：从经地西他滨和/或干扰素γ处理并接受CRISPR介导的CIITA破坏的急性髓系白血病细胞系中获得RNA测序数据。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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