PRJNA562538：TNF-a诱导上皮细胞系基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA562538

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

TNF-α在多种累及上皮组织的炎症性疾病中升高。为更好地理解TNF-α对上皮生物学的影响，我们在有和无TNF-α的条件下培养了3种上皮细胞系，并使用Affymetrix GeneChip® HG-U133+2阵列或HG-U133+PM阵列对转录组进行了比较分析。总体设计：三种上皮细胞系（A549、HT-29、293）和K562（髓系白血病）细胞系在有和无TNF-α的条件下各培养6个重复，培养4小时，并使用Affymetrix GeneChip HT HG-U133+ PM 96阵列板评估转录组。实验中还获取了经TNF刺激培养的原代人角质形成细胞的基因列表（原始历史数据集不可用）。K562的数据未纳入TNF刺激的汇总基因集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。