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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA533995：B细胞急性淋巴细胞白血病免疫微环境演变[人骨髓数据集]

PRJNA533995 是一个聚焦于 B 细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）免疫微环境的人骨髓单细胞转录组数据集，由 NCBI 收录，本站将其归入肿瘤 / 白血病分类。该数据集的核心内容是对原代人骨髓免疫群体开展单细胞 RNA 测序分析，样本涵盖 B-ALL 患者配对的诊断、缓解和复发三个阶段，以及健康骨髓供者样本。通过对比不同疾病阶段与健康状态下的骨髓免疫细胞组成和基因表达特征，该数据集可用于观察白血病发生、治疗缓解与复发过程中免疫微环境的动态变化。数据主题归属于转录组或基因表达范畴，适合从事白血病免疫学、单细胞测序数据分析及肿瘤微环境研究的人员参考使用。

【数据集背景】

B 细胞急性淋巴细胞白血病是起源于 B 系淋巴祖细胞的恶性血液肿瘤，骨髓是其主要的疾病发生与残留病灶场所。白血病细胞与骨髓内各类免疫细胞共存并相互作用，构成复杂的免疫微环境，这一微环境在诊断、治疗缓解和疾病复发不同阶段可能发生显著重塑。理解这种动态演变，需要在单细胞分辨率上对骨髓免疫群体进行系统刻画。该数据集正是围绕这一研究问题构建，通过比较 B-ALL 患者匹配的诊断、缓解、复发样本与健康供者骨髓样本，为解析白血病免疫微环境的演化提供转录组层面的数据基础。

【数据内容】

数据集包含对原代人骨髓免疫群体进行单细胞 RNA 测序所产生的转录组数据，主题标签为转录组或基因表达。样本来源覆盖两类人群：一是 B-ALL 患者，其骨髓样本按匹配的诊断、缓解和复发阶段采集；二是健康骨髓供者。就细胞分选策略而言，B-ALL 患者骨髓样本先经流式分选分为 CD19+ B 细胞与 CD19-CD45+ 非 B 细胞两个组分，随后按 CD19+ 与 CD19-CD45+ 为 1:5 的比例混合后进行单细胞测序；健康供者则对总 CD45+ 骨髓细胞进行测序。这一设计使得数据同时包含恶性 B 细胞相关群体与非 B 的骨髓免疫细胞群体，便于在单细胞水平上分析不同细胞类型的组成与表达特征。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），英文名称为 PRJNA533995: The Evolving Immune Microenvironment of B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia [human bone marrow dataset]。样本为原代人骨髓样本，来自 B-ALL 患者与健康骨髓供者。患者样本覆盖诊断、缓解和复发三个匹配阶段，健康供者样本用于对照。样本处理采用流式分选结合单细胞 RNA 测序的技术路线，具体测序平台、试剂版本、测序深度等信息源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于白血病免疫微环境相关研究，例如比较 B-ALL 患者在诊断、缓解和复发阶段骨髓免疫细胞组成的变化，分析 CD19+ B 细胞组分与 CD19-CD45+ 非 B 免疫细胞组分在不同疾病状态下的表达差异，以及将患者样本与健康供者骨髓免疫群体进行对照。也可用于单细胞转录组分析方法的教学与验证、免疫细胞亚群注释流程的构建，以及围绕 B-ALL 微环境演化假说的探索性分析。由于数据涉及人类骨髓样本，使用时应结合相应的伦理与数据访问规范。

【使用方法】

使用该数据集时，可从 NCBI 获取原始单细胞 RNA 测序数据及相关的样本与实验信息。分析上通常先进行测序读段比对与表达定量，获得细胞-基因表达矩阵，再进行质控、归一化、降维聚类和细胞类型注释。考虑到样本设计包含患者与健康供者、以及诊断/缓解/复发不同阶段，分析时应按样本来源和疾病状态分组，注意患者配对关系，并在比较 CD19+ 与 CD19-CD45+ 混合测序样本时考虑分选与混合比例对细胞构成的影响。具体的数据下载格式、处理流程参数和分析工具，源站未提供统一规定，需依据数据实际组织方式确定。

【质量与限制】

该数据集为单细胞 RNA 测序数据，受单细胞技术固有特性影响，可能存在 dropout 事件、测序深度不均和细胞捕获效率差异等问题。患者样本经过 CD19+ 与 CD19-CD45+ 分选后按 1:5 混合测序，这一人工混合比例会影响下游细胞组成的解读，分析时需加以考虑。健康供者仅对总 CD45+ 细胞测序，与患者样本的处理方式不完全一致，跨组比较时需谨慎。此外，样本量、患者个体数量、临床信息详细程度、测序平台与批次信息等，源站未提供，无法据此评估批次效应或进行更细致的分层分析。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI，源站未提供具体的引用文献信息与许可条款。使用者在引用和再利用数据时，应遵循 NCBI 及原始数据提交方发布的相关政策与数据使用声明，并建议查阅数据集页面获取最新的引用与授权说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE130116

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA533995

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对来自B-ALL患者样本（匹配的初诊、缓解和复发阶段）及健康骨髓供者样本的原代人骨髓免疫群体进行单细胞RNA测序分析。总体设计：原代人骨髓免疫群体的单细胞RNA测序文库。B-ALL患者骨髓样本通过流式分选分为CD19+ B细胞和CD19-CD45+非B细胞组分，然后按CD19+:CD19-CD45+为1:5的比例混合，随后进行scRNA-Seq。健康供者的总CD45+骨髓细胞进行了测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别