PRJNA505477：HPCs红系分化中HBBP1抑制的RNA-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA505477

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

随着 relics 在无尽的进化中出现，假基因与其蛋白质同源物相比失去了编码潜力，长期以来被认为没有功能，因此在中性条件下进化。然而，近二十年来支持其功能性的证据迅速积累。在此，我们揭示了血红蛋白亚基 beta 假基因 1（HBBP1）的进化历史及其在人类红细胞生成中的关键作用，HBBP1 位于胎儿（γ）和成人珠蛋白（δ/β）基因中间。HBBP1 起源于真兽亚纲哺乳动物的共同祖先，并在人类群体中受到功能约束。在人类胚胎干细胞中去除 HBBP1 完全阻断了它们向红系细胞的分化，而 HBBP1 减少后，造血干/祖细胞的红系分化也显著受损，证明 HBBP1 是人类红细胞生成所必需的。在机制上，HBBP1 RNA 含有异质核核糖核蛋白 A1（HNRNPA1）的结合基序，竞争 HNRNPA1 的结合，从而稳定红细胞生成的关键调节因子 T 细胞急性淋巴细胞白血病 1（TAL1）。

此外，HBBP1在β-地中海贫血患者中显著升高，并且部分是其胎儿血红蛋白升高所必需的。总体设计：分别对经EPO诱导分化的脐血来源CD34+造血干/祖细胞第8天和第14天的细胞进行RNA-seq。共分为三组：对照组、HBBP1 shRNA-1组和HBBP1 shRNA-2组。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。