多发性骨髓瘤中NEAT1 lncRNA高表达失调与分子特征及临床结局无关
该数据集来自 NCBI BioProject（编号 PRJNA478041），主题为转录组或基因表达，聚焦多发性骨髓瘤中 NEAT1 lncRNA 的高表达失调现象，并探讨其与分子特征及临床结局的关联
基本信息
资源简介
多发性骨髓瘤中NEAT1 lncRNA高表达失调与分子特征及临床结局无关
PRJNA478041 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录，其英文名称为“Deregulated high expression of NEAT1 lncRNA in multiple myeloma is unrelated to molecular features and clinical outcome”。该项目聚焦于多发性骨髓瘤中 NEAT1 长链非编码 RNA（lncRNA）的高表达失调现象，并探讨这种表达异常与分子特征及临床结局之间的关联。项目主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据属于转录组或基因表达范畴。在本地分类中，该数据集被归入肿瘤 / 白血病类别。作为 BioProject 记录，它为用户提供了一个集中入口，用以查找由该单一研究计划所产生的多种类型数据。整体而言，该数据集围绕 NEAT1 lncRNA 在多发性骨髓瘤中的表达调控及其临床相关性展开，适合对转录组学、非编码 RNA 以及血液肿瘤分子机制感兴趣的研究人员参考使用。
【数据集背景】
多发性骨髓瘤是一种血液系统恶性肿瘤，其分子机制复杂，涉及多种基因表达调控异常。长链非编码 RNA 在肿瘤发生发展中的作用日益受到关注。NEAT1 是一种重要的 lncRNA，已有研究提示其在多种肿瘤中表达失调。该数据集所对应的研究计划旨在探究多发性骨髓瘤中 NEAT1 lncRNA 是否呈现高表达失调，以及这种失调是否与分子特征和临床结局存在关联。项目标题明确指出“Deregulated high expression of NEAT1 lncRNA in multiple myeloma is unrelated to molecular features and clinical outcome”，即该研究关注的核心问题是 NEAT1 高表达失调与分子特征及临床结局之间是否相关。该 BioProject 记录来源于 NCBI，属于转录组或基因表达主题，为后续数据挖掘和验证提供了基础资源。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容主要涉及转录组或基因表达层面的信息。项目英文名称中提及 NEAT1 lncRNA 在多发性骨髓瘤中的高表达失调，并探讨其与分子特征及临床结局的关联。因此，数据内容可能包括与 NEAT1 表达相关的转录组数据或基因表达数据，但具体的数据类型、样本数量、检测平台、数据格式等细节，源站未提供。该 BioProject 记录本身是一个集合，用于链接由该研究计划产生的多种数据类型，但具体包含哪些数据文件或子项目，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。源站描述指出，BioProject 是一个与单一研究计划相关的生物数据集合，该计划源自单一组织或联盟。BioProject 记录为用户提供一个单一入口，以查找为该计划生成的多种数据类型。该数据集的编号为 PRJNA478041，属于 NCBI BioProject 数据库。关于具体的样本采集方法、实验设计、测序平台、数据处理流程等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组学或基因表达相关的研究场景，特别是针对多发性骨髓瘤中 NEAT1 lncRNA 表达失调及其与分子特征、临床结局关联的探索。研究人员可以利用该 BioProject 记录查找与该研究计划相关的数据，用于验证 NEAT1 在多发性骨髓瘤中的表达模式，或进行二次分析。此外，该数据集也可用于非编码 RNA 在血液肿瘤中作用机制的比较研究。由于该数据集被归类为肿瘤 / 白血病，它也可能对白血病或其它血液恶性肿瘤的分子特征研究具有参考价值。但具体适用场景需结合源站提供的实际数据内容确定，源站未提供详细的使用案例或推荐分析方向。
【使用方法】
作为 NCBI BioProject 记录，用户可以通过访问 NCBI 网站并检索编号 PRJNA478041 来获取该项目的入口页面。该页面提供链接以查找由该研究计划生成的多种数据类型。用户可以根据页面指引，进一步访问相关的子项目或数据文件。具体的数据下载方式、分析工具、软件要求等，源站未提供。由于该记录本身是一个集合入口，实际使用时应依据所链接的具体数据资源进行操作。源站未提供详细的使用步骤或操作指南。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共数据库记录。其质量取决于原始研究计划的数据生成和提交过程。由于源站未提供具体的实验方法、数据验证、质量控制指标等信息，无法对该数据集的质量进行详细评估。限制方面，该记录仅提供项目层面的描述和链接，不直接包含原始数据或分析结果。用户需要进一步访问相关数据资源才能进行实质性的分析。此外，该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，但具体数据范围、样本量、统计功效等均未在源站描述中说明。因此，使用时应谨慎对待，并参考原始研究计划的相关文献或数据说明。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款等信息，源站未提供。用户在使用时应遵循 NCBI 的通用使用政策，并参考该 BioProject 记录页面可能提供的引用指南。由于源站未提供具体的许可信息，建议用户直接访问 NCBI 网站查询相关条款。该数据集的英文名称和编号 PRJNA478041 可作为引用标识。源站未提供具体的引用格式或版权声明。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA478041
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
多发性骨髓瘤（MM）是一种骨髓浆细胞的恶性增殖，其发病机制在很大程度上仍不清楚。长非编码RNA（lncRNA）是一大类非蛋白质编码RNA，参与许多生理细胞和基因组过程以及癌变、癌症转移和侵袭。lncRNA在MM中的生物学作用和治疗潜力仍有待探索。在此，我们在50例MM和15例浆细胞白血病样本的队列中，研究了浆细胞恶液质背景下的核副斑组装转录本1（NEAT1）。阵列表达数据表明，与四个健康对照相比，肿瘤样本中NEAT1上调。此外，在MM患者中，无论分子特征如何，NEAT1普遍过表达，这一点在代表性病例亚组中通过Q-RT-PCR验证和RNA测序数据得到进一步支持。与NEAT1表达相关的基因和lncRNA转录特征的功能注释表明，DNA修复和代谢、动力蛋白相互作用以及未折叠蛋白反应途径受到调节。
我们在一个包含55例MM的回顾性专有数据集中，以及来自阿肯色大学涵盖550多名患者的TT2/TT3大型试验队列中，测试了NEAT1的临床相关性；在这两种情况下，NEAT1过表达均与患者预后无关。总体设计：从50例初诊MM病例、15例浆细胞白血病和4例正常对照（购自Voden, Medical Instruments IT）的高度纯化浆细胞中提取总RNA样本。其中30例MM和4例N样本与GSE109116共有。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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