ALL-SIL细胞TLX1敲低后的PolyA+ RNA-seq数据集
该数据集来自NCBI，包含ALL-SIL细胞在TLX1敲低后的PolyA+ RNA-seq数据，属于肿瘤/白血病分类下的转录组或基因表达主题
基本信息
资源简介
ALL-SIL细胞TLX1敲低后的PolyA+ RNA-seq数据集
PRJNA434171 是一个聚焦于 T 细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）转录调控的研究型 RNA 测序数据集，来源于 NCBI。该数据集以 ALL-SIL 细胞系为研究对象，在 TLX1 转录因子被敲低后进行 PolyA+ RNA-seq 测序，用于考察 TLX1 调控的转录组变化。数据集归属于肿瘤／白血病分类，主题标签为转录组或基因表达。其核心价值在于将 TLX1 的调控研究从既往较为充分的蛋白编码基因层面，拓展到长非编码 RNA（lncRNA）层面，为理解 T-ALL 白血病转化过程中的转录调控网络提供了测序数据基础。
【数据集背景】
T 细胞急性淋巴细胞白血病是一种侵袭性血液肿瘤，由 T 细胞前体发生恶性转化所致。包括“T 细胞白血病同源盒 1”（TLX1，又称 HOX11）转录因子在内的若干癌基因，已被鉴定为与其他遗传异常协同参与前体 T 细胞白血病转化的早期驱动事件。既往研究已对 T-ALL 中 TLX1 所调控的转录组在蛋白编码基因层面进行了广泛考察，但长非编码 RNA 层面的情况此前仍未被探索。长非编码 RNA 已被公认为在多种癌症标志性特征中发挥多功能的关键角色。本研究即在这一背景下，首次对 TLX1 调控的转录组开展以 lncRNA 表达模式为重点的系统分析。
【数据内容】
该数据集为 PolyA+ RNA-seq 数据，测序对象为接受 TLX1 敲低处理的 ALL-SIL 细胞。源站描述提到，该研究对 ALL-SIL 细胞的 polyA 与总 RNA 测序进行了整合分析，以刻画 TLX1 调控的转录组，重点落在 lncRNA 表达模式上。数据集的主题标签为转录组或基因表达，表明其内容属于基因表达谱层面的测量数据。样本数量、测序平台、读长、重复设置等具体技术参数，源站未提供。
【采集与来源】
数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），英文名称为“PRJNA434171: PolyA+ RNA-seq in ALL-SIL upon TLX1 knockdown”。其研究对象为 ALL-SIL 细胞系，实验处理为 TLX1 敲低。源站描述仅给出研究背景与分析思路的概述，未提供样本采集、细胞培养条件、敲低方法、测序建库流程等实验细节，这些内容源站未提供。
【适用场景】
基于其主题与设计，该数据集适用于 T-ALL 中 TLX1 转录因子调控网络的研究，尤其是长非编码 RNA 表达变化的分析；也可用于与蛋白编码基因层面已有认识进行整合比较，考察 TLX1 敲低后转录组的整体响应。此外，对于白血病转录组研究、癌基因驱动转录调控研究等方向，该数据可作为公共测序资源加以利用。具体分析用途需结合源站提供的原始数据与配套信息确定。
【使用方法】
使用时应以 NCBI 上该数据集对应的项目页面为入口，获取原始测序数据及源站提供的相关说明文件。分析流程可参照 RNA-seq 的通用做法，包括比对、表达定量与差异表达分析等；由于研究重点为 lncRNA，分析中需采用能够覆盖非编码转录本的注释与定量策略。数据集的具体文件组织、格式与配套元数据，源站未提供，需以实际下载内容为准。
【质量与限制】
该数据集基于单一细胞系 ALL-SIL 的 TLX1 敲低实验，源站描述未提及重复数、测序深度、数据质控指标等信息，相关质量参数源站未提供。其结论外推到其他 T-ALL 细胞系或临床样本时需谨慎。此外，源站描述文本在末尾处被截断，完整的研究描述与数据范围需以 NCBI 项目页面为准。
【引用与许可】
该数据集的引用方式与使用许可条款，源站未提供，使用前应查阅 NCBI 项目页面上的相关声明并遵循其要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA434171
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）是一种侵袭性血液癌症，由T细胞前体的恶性转化引起。多种癌基因，包括“T细胞白血病同源盒1”TLX1（HOX11）转录因子，已被鉴定为早期驱动事件，与其他遗传畸变协同作用于祖T细胞的白血病性转化。过去已对T-ALL中TLX1调控的转录组在蛋白质编码基因层面进行了广泛研究，但迄今为止在长链非编码RNA（lncRNA）层面仍未被探索，后者以作为参与多种癌症标志的成熟多功能关键角色而闻名。在本研究中，我们首次对TLX1调控的转录组进行了广泛分析，重点关注lncRNA表达模式。我们呈现了对TLX1表达受扰动的ALL-SIL淋巴母细胞以及一个初诊T-ALL患者队列（包括5例TLX1+和12例TLX3+病例）的polyA和总RNA测序的整合分析。
我们在ALL-SIL细胞中最初展示的TLX1和H3K27ac ChIP数据集（Durinck等，Leukemia，2015）基础上，扩展了H3K4me1、H3K4me3和ATAC-seq数据，以准确界定（超级）增强子标记的lncRNA，并通过计算机 guilt-by-association 方法为候选TLX1调控的lncRNA赋予潜在功能注释。我们的研究为后续对选定lncRNA进行功能分析铺平了道路，这些lncRNA有望成为T-ALL背景下精准医学方法的新型治疗靶点。总体设计：在TLX1敲低后，为T-ALL细胞系ALL-SIL生成了polyA+ RNA-seq数据
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
