小鼠白血病干细胞系基因表达谱（微阵列）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA291209

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DNA甲基转移酶3A（DNA Methyltransferase 3A，DNMT3A）在多种造血系统恶性肿瘤中频繁发生突变；然而，其潜在的致癌机制仍不明确。在此，我们报道DNMT3A Arg882位点的突变“热点”（DNMT3A-R882H）与组成性激活的RAS协同作用，在体外转化小鼠造血干/祖细胞（hematopoietic stem/progenitor cells，HSPCs），并在体内诱导急性白血病。DNMT3A-R882H促进“干性”基因表达程序的异常反式激活，尤其是转录因子Meis1、Hox-A、Mn1和Mycn。在机制上，R882突变的DNMT3A直接结合这些基因的顺式调控元件，并诱导局灶性CpG低甲基化，这与在携带DNMT3A R882突变的人类白血病中所见的现象相似。此外，DNMT3A-R882H诱导的DNA低甲基化促进基因增强子/启动子激活以及Dot1l相关转录延伸机制的招募。Dot1l的失活可抑制DNMT3A-R882H介导的干细胞基因失调和急性白血病生成能力。

在本数据集中，我们提供了以下基因表达谱数据：(1) RH-RAS白血病干细胞（RH-RAS LSCs），(2) 由MLL-AF9转化的LSCs，(3) 由NUP98-JARID1A转化的LSCs，以及(4) 经Dot1l抑制剂处理的RH-RAS LSCs。总体设计：基因表达数据使用Mouse Genome 430 2.0 Microarray（Affymetrix）对四个独立来源的RH-RAS LSC系（命名为LSC RH-RAS #1、#2、#3和#4）、两个经1 µM SGC0946（一种Dot1l特异性小分子抑制剂）处理4天的RH-RAS LSC系（LSC RH-RAS #1和#3）、一个MLL-AF9转化的祖细胞系以及三个NUP98-JARID1A转化的祖细胞系进行生成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。