PRJNA288821：RDI处理T-ALL细胞的表达数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA288821

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RUNX1和CBFB分别编码核心结合因子(core binding factor)的亚基，是血液系统恶性肿瘤中染色体异常的常见靶点。我们此前已确定，由CBFB编码的CBFβ对于t(8;21)产生的嵌合蛋白AML1-ETO(RUNX1-RUNX1T1)的转化活性具有重要作用；其他研究亦表明，正常的Runx1功能对于缺乏RUNX1或CBFB突变的部分白血病的存活与维持至关重要。因此，我们提出假设：通过小分子抑制剂靶向Runx1与CBFβ之间的相互作用，可在多种白血病中取得治疗疗效。基于Runx1的DNA结合Runt结构域(RD)的结构及其与CBFβ的相互作用界面，我们对包含78,000种类药化合物的化合物库进行了计算机筛选，并进一步优化了初步命中的化合物。Runt结构域抑制剂(RDIs)可直接结合RD并破坏其与CBFβ的相互作用。这些工具化合物可抑制t(8;21)急性髓系白血病(AML)细胞系的生长并诱导其凋亡，还可降低携带t(8;21)的小鼠和人白血病细胞的祖细胞活性，而对正常骨髓细胞无此作用。

RDIs对不携带t(8;21)的小鼠和人T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)细胞系具有相似的作用。一株小鼠T-ALL细胞系720对这类抑制剂尤为敏感，该细胞系来源于Tcf12+/-小鼠，并在Lck启动子控制下表达Tal1转基因。为进一步了解Runt结构域抑制剂(RDIs)的作用机制，我们对处理后高度敏感的720 T-ALL细胞进行了全局基因表达分析。用RDIs处理720 T-ALL细胞，并在其发生凋亡前的8小时后收获细胞，使用微阵列分析表达情况。总体设计：将720 T-ALL细胞在Runt结构域抑制剂存在下培养8小时，随后纯化总RNA，并通过微阵列分析基因表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。