PRJNA285277:CLL8队列全外显子组测序临床测序数据

BioProject 是与单一计划相关、源自单一组织或联盟的生物数据集合。BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,以查找为该计划生成的各种数据类型的链接

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基因组分类肿瘤白血病CLL全外显子组测序临床测序BioProject
PRJNA285277: Clinical Sequencing: Whole Exome Sequencing of CLL8 Cohort

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA285277:CLL8队列全外显子组测序临床测序数据

PRJNA285277 是一个公开的生物学研究项目记录,英文名称为 Clinical Sequencing: Whole Exome Sequencing of CLL8 Cohort,收录于 NCBI 的 BioProject 数据库,源站标题为 Clinical Sequencing: Whole Exome Sequencing of CLL... (ID 285277) - BioProject - NCBI。该数据集在本站被归类为肿瘤 / 白血病方向。从名称可以看出,该项目属于临床测序范畴,围绕 CLL8 队列开展全外显子组测序。BioProject 作为生物数据的集合性记录,旨在为与单一计划相关、源自单一组织或联盟的数据提供统一入口,使用户能够在一个位置找到该项目所生成的各种数据类型及其链接。因此,该数据集的核心价值在于将 CLL8 队列的全外显子组测序数据集中呈现,便于研究者和临床相关人员检索与访问。

【数据集背景】

该数据集对应的是一项临床测序计划,聚焦于 CLL8 队列的全外显子组测序。CLL8 这一名称提示其与慢性淋巴细胞白血病(CLL)相关的研究队列,而全外显子组测序则意味着对样本的蛋白编码区域进行测序。项目以 BioProject 形式组织,BioProject 是与单一计划相关、源自单一组织或联盟的生物数据集合。通过 BioProject 记录,用户可以集中获取该计划下生成的不同数据类型及其链接。本站将其归入肿瘤 / 白血病分类,说明该数据集在应用领域上属于肿瘤学中的白血病方向。关于该项目的具体发起组织、联盟构成、研究目的、样本数量、测序平台、时间跨度等更细的背景信息,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的内容为 CLL8 队列的全外显子组测序数据。全外显子组测序通常针对基因组中的外显子区域,用于发现与疾病相关的编码区变异。BioProject 记录本身并不只包含单一类型的数据,而是提供用户一个统一的位置,以查找为该计划生成的各种数据类型的链接。因此,该数据集可能关联多种由该计划产生的数据资源,但具体包含哪些数据文件、数据格式、变异列表、原始测序读长或处理后的结果等,源站未提供。本站分类为肿瘤 / 白血病,进一步表明其数据内容与白血病研究相关。关于数据量、覆盖深度、样本类型、临床信息字段等具体内容,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心(NCBI)的 BioProject 数据库。BioProject 记录源自单一组织或联盟,用于汇集与单一计划相关的生物数据。该项目的英文名称表明其属于临床测序范畴,并针对 CLL8 队列进行全外显子组测序。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批、知情同意、测序中心、具体合作机构等采集与来源细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与慢性淋巴细胞白血病相关的临床测序研究场景,尤其是针对 CLL8 队列的全外显子组测序分析。研究人员可以利用 BioProject 记录作为入口,查找该计划生成的各种数据类型及其链接,进而开展变异分析、队列比较或临床相关性探索。由于本站分类为肿瘤 / 白血病,该数据集也可用于肿瘤学中白血病方向的生物信息学分析。关于该数据集是否适用于特定药物研发、诊断标志物发现、预后评估等具体场景,源站未提供。

【使用方法】

使用者可以通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录,利用其提供的统一位置查找与该项目相关的各种数据类型链接。BioProject 的设计目的正是让用户能够集中发现与单一计划相关的数据资源,而不必在多个分散的数据库中逐一搜索。关于具体的数据下载方式、访问权限、是否需要申请、使用何种工具进行分析等操作细节,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集以 BioProject 记录形式存在,其质量与限制取决于源站所汇集的数据。BioProject 作为生物数据的集合,提供的是与单一计划相关、源自单一组织或联盟的数据链接,并不一定代表所有数据都经过统一的质量控制或标准化处理。关于该数据集的具体质量指标、数据完整性、测序质量、样本量、是否存在批次效应、临床注释的可靠性等,源站未提供。使用者应注意,BioProject 记录本身主要是导航性入口,具体数据质量需依据所链接的原始数据资源判断。

【引用与许可】

该数据集的引用方式应遵循 NCBI BioProject 数据库的通用规范,并注明项目编号 PRJNA285277 及英文名称 Clinical Sequencing: Whole Exome Sequencing of CLL8 Cohort。关于该数据集的具体许可协议、使用条款、是否允许商业用途、是否需要获得额外授权等,源站未提供。使用者应直接查阅 NCBI 及 BioProject 的相关政策,或联系数据提交方以获取明确的许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA285277

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对原发肿瘤样本进行大规模全外显子组测序(WES),能够无偏倚地发现复发性推定驱动事件及克隆演化模式。我们通过对538例慢性淋巴细胞白血病(CLL)及其匹配的种系DNA进行WES,报告了44个复发性突变基因和11个复发性CNV的鉴定结果。这些包括先前未被识别的癌症驱动基因(如RPS15、IKZF3),并共同确定了核输出、MYC活性和MAPK信号通路是CLL体细胞突变影响的核心通路。对该大型数据集的克隆性分析进一步使得重建这些驱动事件之间的时间关系成为可能。在280例于……之前采集的样本中,若干驱动事件与较短的无进展生存期(PFS)相关。(更多内容请见dbGaP研究页面。)

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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