基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA282788：急性髓系白血病中NPM1突变调控的microRNA−mRNA调控 [mRNA]

PRJNA282788: NPM1 mutation-modulated microRNA−mRNA regulation in acute myeloid leukemia [mRNA] 是一个围绕急性髓系白血病（AML）中 NPM1 突变如何影响 microRNA 与 mRNA 调控关系而建立的转录组或基因表达数据集合。该数据集属于肿瘤/白血病领域，来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 282788，物种为 Homo sapiens。其核心价值在于为研究 NPM1 突变相关的 microRNA−mRNA 调控机制提供生物数据支持，适合用于转录组层面的表达分析与调控网络探索。整体而言，该数据集聚焦于基因表达与转录调控，是白血病分子机制研究中可参考的数据资源之一。

【数据集背景】

急性髓系白血病是一种涉及多种基因突变的血液系统恶性肿瘤，其中 NPM1 突变是较为常见的分子事件之一。该数据集以 NPM1 突变对 microRNA 与 mRNA 之间调控关系的影响为研究主题，属于肿瘤/白血病方向的转录组或基因表达数据集合。源站标题显示其对应 Homo sapiens 的 BioProject 记录，编号为 282788。该数据集的建立，旨在为探索 NPM1 突变背景下 microRNA−mRNA 调控机制提供数据基础，属于转录组或基因表达层面的生物数据集合。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其内容属于转录组或基因表达范畴。数据集名称中包含 [mRNA]，提示其涉及 mRNA 层面的数据。数据围绕急性髓系白血病中 NPM1 突变对 microRNA 与 mRNA 调控关系的影响展开，可用于研究 NPM1 突变相关的 microRNA−mRNA 调控机制。关于具体的样本数量、测序平台、数据文件格式、数据量大小等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 282788，物种为 Homo sapiens。BioProject 是围绕单一研究计划或联盟收集的生物数据集合，为用户提供查找该项目所生成的不同类型数据的统一入口。该数据集的源站描述指出，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以查找为该项目生成的各种数据类型。关于具体的采集方法、实验设计、样本处理流程等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于急性髓系白血病中 NPM1 突变相关的 microRNA−mRNA 调控机制研究，可用于转录组或基因表达层面的分析。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其可应用于基因表达分析、转录调控网络探索等场景。由于数据围绕 NPM1 突变对 microRNA 与 mRNA 调控关系的影响，因此适合用于研究该突变背景下 microRNA 与 mRNA 之间的相互作用。关于更具体的适用场景，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI 的 BioProject 数据库进行访问，项目编号为 282788。用户可通过 BioProject 记录查找该项目所生成的不同类型数据。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具等信息，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，属于公开的生物数据集合。关于数据质量评估、数据完整性、样本量、测序深度、批次效应等具体质量指标，源站未提供。使用时应结合源站记录中的相关信息进行判断。关于该数据集的具体限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，项目编号为 282788。关于具体的引用方式、许可协议、使用条款等信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE68466

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA282788

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

核磷蛋白（NPM1）基因突变在急性髓系白血病（AML）中较为常见。该突变具有显著的预后意义，并与独特的生物学特征相关。我们来自初诊AML患者样本配对的微小RNA（miRNA）和mRNA微阵列数据强烈表明，miRNA−mRNA调控（MMR）可能是动态的，并可由NPM1突变调节。我们通过一个系统框架识别了493对受NPM1突变调控的MMR配对，其中MMR在携带NPM1突变的患者中特异性减弱。涉及的miRNA/mRNA与癌症和血液病相关，也与NPM1突变的已知功能相关，包括细胞死亡和细胞对治疗的反应。NPM1突变调控可通过三种方法验证，包括两个独立队列数据集、一个源自基于细胞系实验的高通量数据集，以及两个体外模型。我们的研究为NPM1突变作为MMR调节因子的作用提供了新的生物学见解，并据此在AML中衍生出新的预后标志物。总体设计：从109例初诊AML患者中获取冷冻保存的骨髓细胞。

每个样本均使用Illumina HumanHT-12 V4.0表达珠芯片进行分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别