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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA259830：滤泡树突状细胞可及性是小鼠慢性淋巴细胞白血病B细胞活化与增殖的关键步骤

PRJNA259830 是 NCBI BioProject 数据库中的一个小鼠（Mus musculus）转录组研究项目，项目编号为 259830。该项目围绕慢性淋巴细胞白血病展开，聚焦于滤泡树突状细胞可及性在 B 细胞活化与增殖中的作用，属于肿瘤/白血病研究方向。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明项目产生的数据以转录组或基因表达信息为主。BioProject 作为生物数据的集合记录，将同一项研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找与访问。该数据集为研究小鼠慢性淋巴细胞白血病中微环境细胞与肿瘤 B 细胞之间的相互作用提供了转录组层面的数据资源。

【数据集背景】

该数据集对应的研究关注小鼠慢性淋巴细胞白血病（CLL）中 B 细胞的活化与增殖机制。慢性淋巴细胞白血病是一种以成熟 B 细胞克隆性增殖为特征的血液系统恶性肿瘤，肿瘤 B 细胞在体内的活化与扩增往往依赖于其所处的微环境。滤泡树突状细胞是淋巴滤泡中的重要基质细胞成分，能够为 B 细胞提供抗原呈递与存活信号。该项目以“滤泡树突状细胞的可及性是小鼠慢性淋巴细胞白血病 B 细胞活化与增殖的关键步骤”为核心命题，试图从基因表达层面刻画这一过程。数据集归属于肿瘤/白血病分类，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明其研究手段侧重于转录水平的整体分析。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。项目来源于 NCBI BioProject，编号 259830，物种为小鼠（Mus musculus）。源站描述指出，BioProject 记录本身是一个集合性条目，用于汇集与单一研究计划相关的多种数据类型，并提供统一的访问入口。因此，该数据集的内容围绕上述研究计划所生成的转录组或基因表达数据展开。关于具体的样本数量、测序平台、基因列表、表达量矩阵或差异表达结果等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。源站标题显示为“Mus musculus (ID 259830) - BioProject - NCBI”，物种标注为小鼠。BioProject 的设计目的是将来自单一机构或联合体的、与同一研究计划相关的生物数据集中收录，使用户能够在一个记录中定位到该项目产生的各类数据。该项目的英文名称为“PRJNA259830: Access to follicular dendritic cells is a pivotal step in murine chronic lymphocytic leukemia B cell activation and proliferation”，直接反映了研究的核心内容。关于样本采集的具体组织、时间、地点、处理方法以及测序或检测的具体实验流程，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与研究方向，该数据集适用于与小鼠慢性淋巴细胞白血病、B 细胞活化与增殖、滤泡树突状细胞微环境相关的转录组或基因表达分析场景。研究人员可将其用于探索肿瘤微环境中基质细胞对白血病 B 细胞的支持作用，或用于转录水平的比较与整合分析。由于该数据集属于肿瘤/白血病方向，也可作为血液系统恶性肿瘤相关基因表达研究的参考数据。关于该数据集是否适用于特定分析流程、能否与其他数据集联合使用等，源站未提供具体说明。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问，项目编号为 259830，英文名称为 PRJNA259830。用户可在 BioProject 记录中查找该项目所关联的各类数据链接。源站描述提到，BioProject 记录为用户提供了一个集中查找项目所产生多种数据类型的位置。关于数据下载格式、分析工具、处理步骤或代码示例等具体使用方法，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开的生物数据集合记录。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，物种为小鼠。关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、重复数、批次效应、样本量大小以及任何已知的技术或生物学限制，源站未提供。用户在使用时应结合源站记录自行评估数据的适用性与可靠性。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject，编号 259830，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用格式、许可条款、使用限制或授权要求，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE60925

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA259830

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在人类慢性淋巴细胞白血病（CLL）的发病机制中，B细胞抗原受体信号似乎对白血病B细胞的个体发育至关重要，而微环境则影响B细胞活化、肿瘤细胞定居以及抗原刺激的提供。利用小鼠Eμ-Tcl1 CLL模型，我们证明CXCR5控制的滤泡树突状细胞（FDC）访问为白血病B细胞提供了增殖刺激。活体成像揭示了边缘区B细胞样白血病细胞的运输路径。小鼠和人类CLL细胞通过淋巴毒素-β受体激活相互刺激驻留间充质基质细胞，导致CXCL13分泌和基质区室重塑。抑制淋巴毒素/淋巴毒素-β受体信号或CXCR5信号可延缓白血病进展。因此，CXCR5活性将肿瘤细胞归巢、塑造生存生态位以及获取局部增殖刺激联系起来。总体设计：该GEO数据集包含对EµTCL小鼠CD5+CD19+肿瘤细胞和健康WT对照（包括健康MZB细胞和B1细胞）的GEP测量。其中6个测量来自WT EµTCL1小鼠，5个来自CXCR5-KO EµTCL1基因型。

MZB细胞和B1细胞从15只动物中混合提取。野生型参考样本取自5只野生型动物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别