PRJNA197140：人脐血CD34+细胞中PRMT4敲低的RNAseq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA197140

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

明确表观遗传调控因子在正常造血中的作用已变得至关重要，因为这些基因的反复突变或异常表达已在髓系和淋系血液恶性肿瘤中被发现。我们发现PRMT4——一种I型精氨酸甲基转移酶，其在正常和恶性造血中的功能尚不清楚——在AML患者样本中过表达。为支持PRMT4的致癌作用，我们发现其过表达可阻断人类干/祖细胞（HSPCs）的髓系分化，而其敲低（KD）足以诱导HSPCs及多种AML细胞系的髓系分化。尽管PRMT4传统上被认为是共激活因子，但我们发现PRMT4通过甲基化RUNX1来抑制HSPCs中miR-223的表达，从而触发包括DPF2在内的多蛋白抑制复合物的组装。作为反馈环路的一部分，在正常分化过程中，PRMT4的表达受到miR-223的转录后抑制。这些数据揭示了PRMT4在髓系分化中一个尚未被识别的角色及其在转录调控中意想不到的抑制性作用。

此外，PRMT4的耗竭导致髓系白血病细胞在体外分化，并在体内增殖减少。因此，靶向PRMT4有望成为急性髓系白血病的一种新型疗法。总体设计：将纯化的人原代CD34+细胞用携带PRMT4KD或 scramble 对照 shRNA 的慢病毒转导。提取总RNA。进行RNAseq以鉴定受PRMT4调控的靶基因。实验进行了三次重复。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。