PRJNA172858：前瞻性原发性浆细胞白血病系列转录特征揭示与肿瘤进展及最差预后相关基因

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA172858

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数据说明

浆细胞白血病（PCL）是一种罕见的浆细胞恶性增殖性疾病，既可表现为既往诊断的多发性骨髓瘤（MM）进展而来，即继发性PCL（sPCL），也可作为疾病的初始表现，即原发性PCL（pPCL）。尽管其临床表现和症状包括MM中所见的那些，但pPCL具有若干明确界定其更具侵袭性病程的特征。为深入探讨pPCL的生物学特征，我们研究了一个纳入多中心前瞻性临床试验的21例新诊断、同质化治疗的pPCL患者队列的转录谱。除一例外，所有pPCL均具有一种主要IGH易位，其相关转录特征与MM中所观察到的相似。我们鉴定出一个503基因特征可将pPCL与MM区分开来，从中涌现出28个基因，其表达水平趋势在来自多个机构的大规模病例数据集中与浆细胞恶性增殖性疾病的进展阶段相关，该数据集包括从正常供者到PCL的样本。随后，我们评估了pPCL系列的转录模式与结局的关联。

鉴定出三个基因，其表达水平与来那度胺/地塞米松一线治疗的反应相关；同时鉴定出一个27基因特征，该特征与总生存期相关，且独立于分子改变、血液学参数和肾功能。总体而言，我们的数据有助于对pPCL进行精细剖析，并可能为高危pPCL亚群的分子定义提供新的见解。总体设计：本系列微阵列实验包含从诊断时的21例pPCL和55例MM中获得的纯化浆细胞（PCs）的基因表达谱。根据制造商的说明（MidiMACS系统，Miltenyi Biotec），使用CD138免疫磁珠从骨髓样本中纯化PCs；对阳性选择的PCs的纯度进行了评估

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。