PRJNA1514124:Ptpn1缺失导致B细胞急性淋巴细胞白血病

数据围绕 Ptpn1 缺失引发 B 细胞急性淋巴细胞白血病这一研究主题,属于转录组或基因表达层面的生物项目数据。可用于探索 Ptpn1 缺失与 B 细胞急性淋巴细胞白血病发生之间的关系,支持基因表达分析、白血病相关分子机制研究等方向(来源 NCBI)

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1514124: Ptpn1 loss leads to B cell acute lymphoblastic leukemia

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1514124:Ptpn1缺失导致B细胞急性淋巴细胞白血病

PRJNA1514124 是一个围绕 Ptpn1 缺失导致 B 细胞急性淋巴细胞白血病这一研究主题而建立的生物项目数据集,英文全称为 PRJNA1514124: Ptpn1 loss leads to B cell acute lymphoblastic leukemia。该数据集在分类上归属于肿瘤与白血病方向,主题标签为转录组或基因表达,说明其数据内容主要涉及基因表达层面的信息。作为来自 NCBI BioProject 的项目记录,它汇集了与单一研究计划相关的多种生物数据,便于使用者在一个统一入口下查找和访问该项目所产生的数据类型。整体而言,该数据集可用于探索 Ptpn1 缺失与 B 细胞急性淋巴细胞白血病发生之间的关系,并支持基因表达分析以及白血病相关分子机制研究等方向。

【数据集背景】

该数据集所对应的研究主题是 Ptpn1 缺失导致 B 细胞急性淋巴细胞白血病。B 细胞急性淋巴细胞白血病是一种涉及 B 细胞来源的急性白血病,属于肿瘤与白血病研究范畴。该生物项目围绕 Ptpn1 基因缺失这一条件展开,旨在汇集与该研究计划相关的生物数据。根据源站描述,BioProject 是围绕单一研究计划、来自单一组织或联盟的生物数据集合,其记录为用户提供一个统一的位置,以查找该项目所产生的多种数据类型。因此,该数据集的背景在于以一个项目记录的形式,整合与 Ptpn1 缺失引发 B 细胞急性淋巴细胞白血病这一主题相关的数据资源。

【数据内容】

该数据集的主题标签为转录组或基因表达,表明其数据内容属于转录组或基因表达层面。数据集围绕 Ptpn1 缺失引发 B 细胞急性淋巴细胞白血病这一研究主题,属于转录组或基因表达层面的生物项目数据。其内容可用于探索 Ptpn1 缺失与 B 细胞急性淋巴细胞白血病发生之间的关系,并支持基因表达分析、白血病相关分子机制研究等方向。关于具体的样本数量、测序平台、表达矩阵、差异基因列表等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其源站标题为“Ptpn1 loss leads to B cell acute lymphoblastic leu... (ID 1514124) - BioProject - NCBI”,项目编号为 1514124。源站描述指出,BioProject 是围绕单一研究计划、来自单一组织或联盟的生物数据集合,BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,以查找为该项目生成的多种数据类型。关于具体的采集方法、实验设计、样本来源、时间范围等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于探索 Ptpn1 缺失与 B 细胞急性淋巴细胞白血病发生之间的关系,可支持基因表达分析、白血病相关分子机制研究等方向。由于其主题标签为转录组或基因表达,相关分析可围绕基因表达层面展开。此外,作为 BioProject 记录,它也可用于查找和访问与该项目相关的多种数据类型。关于更具体的适用场景,如临床诊断、药物靶点筛选或预后分析等,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录进行访问,项目编号为 1514124。用户可通过该记录查找与 Ptpn1 缺失导致 B 细胞急性淋巴细胞白血病这一研究计划相关的多种数据类型。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject,属于围绕单一研究计划的生物数据集合。其主题标签为转录组或基因表达,分类为肿瘤与白血病。关于数据质量评估指标、样本量、批次效应、覆盖度、误差率等具体质量信息,源站未提供。关于该数据集在适用范围、物种、细胞类型或实验条件等方面的限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目编号为 1514124。关于具体的引用格式、许可条款或使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1514124

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

表达NHD13且Ptpn1纯合缺失的小鼠以70%的外显率发生BCP-ALL,提示Ptpn1在此背景下可作为抑癌基因发挥作用。此外,发生BCP-ALL的NHD13/Ptpn1+/-小鼠,其白血病细胞通常显示Ptpn1野生型等位基因缺失,这支持了Ptpn1可作为抑癌基因的论断。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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