SRSF10敲低THP1细胞的RNA-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1481196

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为探究RNA结合蛋白SRSF10在急性髓系白血病（AML）中的下游转录调控网络，我们在SRSF10敲低后的THP1细胞中进行了RNA测序（RNA-seq）。THP1细胞分别转导表达靶向SRSF10的shRNA（shSRSF10）或非靶向对照shRNA（shNC）的慢病毒。在RNA提取前，通过RT-qPCR和Western blot确认敲低效率。从每种条件（shNC和shSRSF10）的三个生物学重复中分离总RNA，并使用NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit构建cDNA文库。在Illumina平台上进行双端150 bp测序。原始reads经fastp进行质量过滤，并使用STAR比对至人类参考基因组（hg38）。使用featureCounts进行基因水平定量，并使用edgeR以|log2FC| > 1和校正P < 0.05为阈值鉴定差异表达基因。该数据集能够鉴定SRSF10调控的基因，并为SRSF10在AML细胞存活中的作用提供见解。总体设计：共6个样本，包括3个SRSF10敲低样本和3个对照样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。