PRJNA1365523：化疗期间通读转录本共转录剪接改善 [CML_RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1365523

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞应激反应是癌细胞对化疗反应的重要组成部分，可决定细胞存活。在此，我们研究白血病细胞中RNA过程的偶联在应激和治疗药物作用下如何受到影响。我们使用短读长和长读长测序来追踪治疗后的RNA加工过程。总体设计：为了确定基因表达水平以及确定可变剪接的变化，我们使用了短读长RNA-seq。我们分析了从全细胞中分离的polyA选择RNA（mRNA），这些细胞是从CML患者样本中富集的CD34+细胞亚群。在分离总RNA之前，细胞用1uM伊马替尼（im）处理1小时，并与未处理的对照细胞（untr）平行收集。样本以单重复进行分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。