PRJNA132287：常见和重叠的致癌通路促进急性髓系白血病的演化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA132287

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

近期研究证明，具有转录活性的白血病相关融合癌基因能够改变定向祖细胞的自我更新能力，并由此生成急性髓系白血病（AML），从而将转化与自我更新途径联系起来。AML在遗传学和生物学上均是一种异质性疾病，目前尚不清楚转化是由多种突变下游的共同或重叠遗传程序介导，还是通过个别突变下游的独特程序参与。这一区分至关重要，因为共同途径的证明可能为AML的治疗确定共同的分子靶点。在此，我们证明，在体外和体内改变自我更新的能力是白血病相关癌基因更为普遍的特性。我们进一步证明，不同的白血病相关癌基因启动早期共同且重叠的转化与自我更新基因表达程序，以介导这些效应。

此外，这些程序的要素可在动物模型及涵盖不同急性髓系白血病（AML）亚型的大规模患者队列的已建立白血病干细胞中检测到，其中它们强烈预测疾病生物学特征。最后，这些程序中的单个基因被证明部分模拟白血病相关癌基因的表型，并且自身改变定向小鼠祖细胞的自我更新能力，当在小鼠骨髓中表达时可生成AML。总体设计：该数据集包含转导了单独GFP或融合癌基因MOZ-TIF2、NUP98-HOXA9或AML1-ETO（如标注所示）的粒细胞单核前体（GMP）。转导后36小时的早期基因表达变化在这些重复样本之间以两种不同方式进行分析；要么将所有癌基因转导的GMP与空载体转导的GMP进行单一两类比较，要么将每种癌基因分别与空载体转导的GMP进行三个独立的两类比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。