PRJNA1305752：NUDT21在急性T淋巴细胞白血病中的作用机制研究 [PAS-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1305752

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数据说明

可变多聚腺苷酸化（APA）是一种广泛存在的转录后调控机制，可调控转录本的稳定性、定位和翻译。尽管APA失调已被证实与多种癌症相关，但其在T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）中的作用仍知之甚少。在本研究中，我们鉴定出APA机制的核心亚基NUDT21是T-ALL中必不可少的致癌调控因子。NUDT21在T-ALL患者样本中显著上调，并与不良预后相关。功能实验表明，敲低NUDT21可抑制T-ALL细胞增殖、诱导细胞凋亡，并在体内抑制白血病进展。整合PAS-seq和RNA-seq分析显示，NUDT21维持致癌转录本远端多聚腺苷酸化位点的使用，其中包括UBE2D3；NUDT21缺失导致UBE2D3的3′UTR缩短，进而使其表达下降并损害白血病细胞生长。除其在APA中的作用外，NUDT21还占据基因调控区域，并直接激活富含MYC和E2F靶基因的转录程序，促进细胞周期进程和核糖体生物发生。

使用强心苷哇巴因对NUDT21进行药理学抑制，可下调UBE2D3及E2F/MYC效应因子，从而产生强效抗白血病作用。我们的研究结果揭示了NUDT21在T-ALL中的双重调控作用，其通过APA依赖性和APA非依赖性两种机制维持白血病细胞增殖。靶向NUDT21或其下游程序是治疗T-ALL的一种有前景的治疗策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。