基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

PRJNA1303656：先锋转录因子TAL1重塑染色质结构引导红系细胞命运定型 [RNAseq]

PRJNA1303656 数据集来自 NCBI，收录于肿瘤/白血病分类之下，主题标签为转录组或基因表达。该数据集围绕先锋转录因子 TAL1 在红系细胞命运定型中的作用展开，通过 RNAseq 手段获取基因表达层面的信息。源站描述指出，TAL1 能够重塑染色质结构，驱动红系发育过程中的转录重编程，并借助 SWI/SNF 复合物及染色质重塑因子 BPTF、KMT2A 建立红系特异性的基因组状态。该数据集为研究白血病相关转录调控与细胞命运决定提供了转录组层面的数据基础。

【数据集背景】

源站描述指出，先锋转录因子对染色质组织和造血细胞谱系定型具有关键调控作用。在红系发育过程中，造血干细胞经历动态的转录与染色质重塑，最终分化为红细胞。然而，经功能验证、能够通过动态染色质重塑编排红系发育的先锋因子仍然有限，其调控机制尚未被完全阐明。该研究正是在这一背景下，将 T 细胞急性淋巴细胞白血病 1（TAL1）鉴定为一种通过重塑染色质驱动红系发育转录重编程的先锋因子，并围绕其作用机制组织数据采集。数据集归入肿瘤/白血病分类，与 TAL1 在 T 细胞急性淋巴细胞白血病中的命名背景相呼应。

【数据内容】

该数据集的主题标签为转录组或基因表达，数据类型属于 RNAseq，即通过高通量测序获取转录本表达信息。源站描述提及的研究内容包括：TAL1 通过招募 SWI/SNF 复合物驱动红系命运特化，并通过谱系限制性的染色质区室重组抑制其他谱系；作为先锋因子，TAL1 招募染色质重塑因子 BPTF 和 KMT2A 以建立红系特异性的基因组状态。数据集所包含的具体样本数量、测序平台、读长、文件格式与数据量等信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），英文名称为“PRJNA1303656: Pioneer transcription factor TAL1 reshapes chromatin architecture to direct erythroid cell fate commitment [RNAseq]”。其原始描述文本来自 NCBI 源站，内容聚焦 TAL1 在红系细胞命运定型中的先锋因子功能。关于样本的具体物种品系、组织来源、实验处理条件、生物学重复设置及测序委托机构等采集细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其转录组或基因表达的主题定位，该数据集可用于考察红系发育过程中受 TAL1 调控的基因表达变化，支持对先锋转录因子介导的转录重编程进行分析；结合源站描述中提及的 SWI/SNF 复合物、BPTF 与 KMT2A 等染色质重塑因子，也可为研究染色质重塑与谱系定型关系提供表达层面的参考。此外，数据集归入肿瘤/白血病分类，可供白血病相关转录调控研究参考。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用说明，包括数据下载方式、预处理流程、标准化方法、分析工具与参数设置等。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估信息，包括测序深度、数据完整性、重复一致性及潜在偏差等。该数据集为 RNAseq 转录组数据，源站描述中涉及的染色质架构与区室重组等结论依赖其他类型实验支撑，本数据集本身所能覆盖的证据范围以转录组或基因表达为限。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE304991

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1303656

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

先锋转录因子在染色质组织和造血细胞谱系定向中发挥关键调控作用。在红细胞生成过程中，造血干细胞经历动态的转录和染色质重塑以分化为红细胞。能够通过动态染色质重塑协调红细胞生成且经功能验证的先锋因子仍然有限，其调控机制尚未完全阐明。在此，我们鉴定T细胞急性淋巴细胞白血病1（TAL1）为一个先锋因子，其通过重塑染色质驱动红细胞生成过程中的转录重编程。通过招募SWI/SNF复合物，TAL1驱动红系命运特化，同时通过谱系限制性染色质区室重组抑制替代谱系。作为先锋因子，TAL1招募染色质重塑因子BPTF和KMT2A以建立红系特异性基因组架构。这些复合物通过转录激活红系调控因子同时抑制非红系决定因子，共同执行TAL1指导的分化程序。

我们的工作建立了一种可推广的染色质可及性导向的先驱因子筛选策略，我们鉴定出TAL1是一个主效先驱因子，并阐明了其通过三维表观基因组重构驱动红系定向的机制。总体设计：从脐血中分离原代人CD34+细胞，先经人外周血淋巴细胞分离液获得单个核细胞（MNC），随后按照制造商方案使用CD34+磁珠分选系统（德国Miltenyi生物技术公司）进行阳性选择。然后，我们利用基于脐血CD34+细胞的体外三阶段红系诱导细胞培养体系，探究了TAL1在红系生成早期阶段的作用。在第2天，细胞被转染含shTAL1的慢病毒，并与 scramble 对照进行比较。BZ1购自MCE，并在细胞培养中以终浓度c

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别