PRJNA127609：HMGA1在淋巴肿瘤发生中诱导的分子特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA127609

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们正在探索淋巴样转化过程中激活的分子通路，长远目标是开发更好的治疗方法。我们的研究重点是HMGA1a癌基因，因为我们的研究表明，它在侵袭性人类淋巴样白血病和淋巴瘤中发挥重要作用。我们已经培育出在淋巴样细胞中过表达HMGA1a的转基因小鼠，这些小鼠在8-10个月时发生侵袭性淋巴样肿瘤，其组织病理学表现类似于人类T细胞急性淋巴细胞白血病。通过分析我们的HMGA1a小鼠模型的基因表达谱，我们计划鉴定HMGA1a在淋巴样转化中激活的分子通路。这些研究的结果将增进我们对淋巴样恶性肿瘤发病机制的理解，并有望促成更好的疗法的开发。总体设计：使用来自不同肿瘤发生阶段HMGA1a转基因小鼠淋巴样细胞的cRNA，对Affymetrix Mouse 430 2.0 GeneChipTM阵列上代表的共计20，669个基因进行了筛选。这些小鼠在8-12个月龄时以完全外显率发生淋巴样肿瘤。

我们在2个月（肿瘤发生前）和12个月（肿瘤已充分形成后）从脾细胞中分离了RNA。这些结果与对照同窝仔畜的脾细胞进行了比较。我们采用了两种统计方法来确定差异表达基因，包括参数方法（Partek基因组学套件分析）和非参数方法（CAM）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。