PRJNA1236388：Nidogen-1在KMT2A重排儿童急性髓系白血病中的作用

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1236388

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数据说明

尽管在治疗结果方面取得了进展，仍有三分之一的急性髓系白血病（AML）患儿会复发，且不到半数能够实现长期生存。研究表明，AML的复发部分由白血病干细胞（LSC）驱动，这凸显了更好地表征和靶向这一治疗耐药细胞群体的未满足医疗需求。对儿童AML亚群（LSC和白血病髓母细胞）及其健康对应细胞进行微阵列分析，发现Nidogen-1（NID1）在两个白血病亚群中均有表达，而在造血干细胞中缺失。利用包含儿童AML患者（n=1025）的TARGET数据集，NID1表达显示与更差的无事件生存期和KMT2A重排相关。对NID1敲低模型的药物反应分析显示，其对HSP90抑制的敏感性存在差异。NID1高表达与低表达表型之间的RNA测序和基因集富集分析表明，NID1参与已知在LSC中富集的线粒体代谢通路。总之，本研究强调NID1是一种新型癌基因，与AML中更差的EFS和代谢性LSC表型相关。

NID1可作为生物标志物，有助于进一步定位白血病干细胞（LSCs），从而制定治疗策略以应对儿童急性髓系白血病（AML）的高复发率。总体设计：鉴于NID1高表达与较差的无事件生存期相关，我们旨在进一步揭示NID1在儿童AML中的生物学作用。因此，我们通过慢病毒shRNA在THP-1细胞系中敲低NID1基因表达、在KASUMI-1细胞系中过表达NID1，构建了NID1基因表达改变的细胞系模型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。