基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

AML 诱导 TTCR-C4 NK 样转录偏移与低持久性和功能障碍相关

该数据集为 NCBI BioProject 收录的编号 PRJNA1202029 项目，英文标题为“AML induces TTCR-C4 NK-like transcriptional skewing associated with low persistence and dysfunction”。从标题可以看出，该项目聚焦于急性髓系白血病（AML）对 TTCR-C4 细胞的影响，具体表现为诱导其出现 NK 样转录偏移，并且这种偏移与细胞低持久性和功能障碍相关。数据集在分类上归属于肿瘤 / 白血病方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其核心数据属于转录组或基因表达层面。整体而言，这是一个围绕 AML 背景下 TTCR-C4 细胞转录状态变化及其功能后果的生物学项目记录，适合关注白血病免疫微环境、细胞持久性与功能状态的研究者参考。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA1202029。BioProject 是围绕某一项单一研究计划或倡议而建立的生物数据集合，通常由单个组织或联合体发起，旨在为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据。本项目的标题明确指向急性髓系白血病（AML）与 TTCR-C4 之间的相互作用，尤其强调 AML 会诱导 TTCR-C4 发生 NK 样转录偏移，而这种偏移又与低持久性和功能障碍相关联。这一背景表明，该项目关注的是白血病环境下特定细胞群体的转录状态改变及其潜在功能影响，属于肿瘤与白血病研究范畴。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容主要涉及转录组或基因表达信息。项目标题进一步提示，数据可能反映 TTCR-C4 细胞在 AML 条件下发生的 NK 样转录偏移，以及这种偏移与低持久性和功能障碍之间的关联。不过，关于具体的样本数量、测序平台、基因表达矩阵、差异表达基因列表、分析流程或统计结果等细节，源站未提供。因此，无法从现有信息中确定数据的具体组成、文件格式或数据量。

【采集与来源】

该数据集来自 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 记录本身并不一定直接包含所有原始数据，而是提供指向该项目所生成的不同数据类型和资源的链接。本项目的编号为 PRJNA1202029，标题为“AML induces TTCR-C4 NK-like transcriptional skewing associated with low persistence and dysfunction”。关于样本采集的具体方法、实验设计、细胞来源、供体信息、时间点、处理条件以及测序或检测平台等，源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息，该数据集适用于与急性髓系白血病（AML）相关的转录组或基因表达研究，尤其是涉及 TTCR-C4 细胞在 AML 背景下出现 NK 样转录偏移、低持久性和功能障碍等主题的分析。它可能对研究白血病免疫微环境、细胞治疗产品的持久性机制、以及转录状态与功能状态之间关系的科研人员具有参考价值。此外，由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，该数据也可能用于基因表达层面的探索性分析。但具体适用场景需结合源站提供的完整数据和分析目标来判断，源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

关于该数据集的具体使用方法，源站未提供。通常 BioProject 记录可作为入口，引导用户访问该项目关联的不同数据类型和资源，但本项目未提供进一步的操作指南、分析流程或使用建议。因此，无法从现有信息中说明如何下载、处理或分析这些数据。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开的生物学项目记录。然而，关于数据质量、样本量、测序深度、重复性、批次效应、数据完整性或验证情况等，源站未提供。此外，项目标题中提到的“NK 样转录偏移”“低持久性”和“功能障碍”等结论性描述，其具体证据和统计支持也未在现有信息中展开。因此，使用该数据集时需注意这些限制，并应参考源站提供的原始记录以获取更全面的质量信息。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可条款或使用限制，源站未提供。用户在使用时应自行查阅 NCBI BioProject 页面及相关数据资源，以确认具体的引用要求和许可条件。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE285214

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1202029

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包括为研究急性髓系白血病（AML）和WT1特异性TCR-T细胞治疗背景下的T细胞反应而生成的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据。scRNA-seq数据集包含接受WT1特异性TCR工程T细胞（TCR-T）治疗的AML患者的外周血（PB）和骨髓（BM）样本。我们特别分析了内源性CD8⁺ T细胞和TCR-T细胞，以表征其转录状态并评估AML对T细胞分化和功能的影响。对一名具有持久临床反应的患者样本进行深入分析，为了解TCR-T细胞随时间变化的转录谱提供了见解，包括阿扎胞苷治疗后的情况。批量RNA-seq数据集是使用AML诱导T细胞功能障碍的体外模型生成的。识别HLA-A0201限制性WT137-45表位的CD8⁺转基因WT1特异性T细胞（TTCR37-45）被反复暴露于表达WT1的HLA-A0201转导的K562 AML细胞。

第13天肿瘤控制丧失与从初始/干细胞样转录状态向富集效应、激活/耗竭及NK样/Temra基因特征的转变相关。至第23天，激活/耗竭标志物下降，而NK样/Temra相关基因持续存在或增加，突显了功能失调T细胞的表型转变。总体设计：单细胞RNA测序：在TCR-T细胞输注后，我们对患者外周血（5例患者，13份样本）和骨髓（1例患者，2份样本）进行了scRNAseq。批量RNA测序：对分选的TTCR37-45在第0天、第13天和第23天进行RNA测序

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别