PRJNA1186250:Oxr1失调促进慢性髓性白血病TKI耐药与急变期[数据集2]
该数据集来自NCBI,聚焦Oxr1失调、ROS诱导的遗传改变与TKI耐药及慢性髓性白血病(CML)进展之间的相互作用。研究采用高通量测序分析,包括RNA-Seq、全外显子测序(WES)和p210 KD突变检测,可用于探索CML中TKI耐药与急变期的分子机制及转录组和基因表达层面的变化(来源 ncbi
![PRJNA1186250: Oxidation Resistance 1 (Oxr1) Dysregulation Promotes TKI Resistance and Blast Crisis in Chronic Myeloid Leukemia [dataset 2]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/143425.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1186250:Oxr1失调促进慢性髓性白血病TKI耐药与急变期[数据集2]
PRJNA1186250 数据集(dataset 2)来自 NCBI,属于肿瘤/白血病分类,主题标签为转录组或基因表达。该数据集围绕氧化应激抵抗蛋白 1(Oxr1)失调展开,关注其与 ROS 诱导的遗传改变、酪氨酸激酶抑制剂(TKI)耐药以及慢性髓性白血病(CML)进展之间的相互作用。研究采用高通量测序分析手段,涵盖 RNA-Seq、全外显子测序(WES)以及 p210 KD 突变检测,旨在从转录组和基因表达层面揭示 CML 中 TKI 耐药与急变期发生的分子机制,为相关研究提供可用的测序数据资源。
【数据集背景】
慢性髓性白血病(CML)是一种以费城染色体及 BCR-ABL 融合基因为特征的骨髓增殖性肿瘤,酪氨酸激酶抑制剂(TKI)是其治疗的重要手段。然而,TKI 耐药以及疾病向急变期(blast crisis)进展,始终是临床与基础研究中需要解释的关键问题。该数据集所对应的研究以 Oxr1 为核心切入点,试图理清 Oxr1 失调、ROS 诱导的遗传改变与 TKI 耐药、CML 进展之间的复杂相互作用。这一研究背景决定了数据集在内容设计上同时覆盖表达层面与基因组变异层面,以便从多个角度观察耐药与疾病进展相关的分子变化。
【数据内容】
该数据集的主题标签为转录组或基因表达,说明其数据主体涉及基因表达层面的高通量测序信息。根据源站描述,研究开展的高通量测序分析包括 RNA-Seq、全外显子测序(WES)以及 p210 KD 突变检测三类。RNA-Seq 用于获取转录组与基因表达信息;WES 用于覆盖外显子区域的序列变异;p210 KD 突变检测则针对 p210 相关的激酶结构域突变进行检测。三类分析共同构成了该数据集在表达谱与遗传变异两个维度上的内容框架。关于样本数量、测序平台、读长、数据量等具体参数,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),以 PRJNA1186250 为标识,属于该研究项目下的 dataset 2。数据由研究者通过高通量测序分析产生,研究整体设计围绕 Oxr1、ROS 诱导的遗传改变与 TKI 耐药及 CML 进展之间的相互作用展开。关于样本的具体采集地点、采集时间、伦理审批信息以及受试者或细胞模型的详细来源,源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于探索 CML 中 TKI 耐药与急变期相关的分子机制,尤其是围绕 Oxr1 失调与 ROS 诱导遗传改变这一研究方向。借助 RNA-Seq 数据,研究者可以分析转录组与基因表达层面的变化;借助 WES 与 p210 KD 突变检测数据,可以考察外显子区域的遗传改变及 p210 激酶结构域突变情况。因此,该数据集适用于基因表达分析、变异检测、耐药机制探索以及 CML 疾病进展相关的基础研究场景。关于其在临床诊断或药物开发中的直接应用,源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI 对应项目编号 PRJNA1186250 进行访问与获取。使用时可依据研究目的分别选取 RNA-Seq、WES 或 p210 KD 突变检测相关的数据进行分析,例如表达差异分析、外显子变异注释与突变位点筛查等。关于具体的下载流程、文件格式、数据处理管线与分析参数建议,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于高通量测序分析产生,涵盖 RNA-Seq、WES 与 p210 KD 突变检测,具备多层面数据相互印证的基础。但关于测序深度、覆盖度、重复样本设置、数据质控指标以及批次效应等信息,源站未提供。此外,该数据集聚焦于 Oxr1 相关研究方向,其结论的外推范围受研究设计与样本构成的约束,相关限制信息源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI,标识为 PRJNA1186250。关于具体的引用文献、作者列表、数据使用许可条款及再分发要求,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1186250
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为揭示Oxr1、ROS诱导的基因改变以及影响TKI耐药性和CML进展的动态变化之间复杂的相互作用,总体设计:我们进行了高通量测序分析,包括RNA-Seq、全外显子组测序(WES)和p210 KD突变检测。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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