PRJNA117785：人急性髓系白血病干细胞中失调的基因表达网络

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA117785

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们进行了首次全基因组表达分析，直接比较了高度富集的正常人造血干细胞（HSC）与急性髓系白血病（AML）患者白血病干细胞（LSC）的表达谱。通过对比正常HSC与LSC的表达特征，我们鉴定出3，005个差异表达基因。采用两项独立分析，我们发现了多个在白血病干细胞中相较于正常HSC异常调控的通路。其中一些通路，如Wnt信号通路、MAP激酶信号通路及黏着连接，因其在癌症发展和干细胞生物学中的作用而广为人知。其他通路此前并未涉及癌症干细胞功能的调控，包括核糖体和T细胞受体信号通路。本研究表明，将全局基因表达分析与详细注释的通路资源相结合，应用于高度富集的正常和恶性干细胞群体，能够揭示调控癌症干细胞的关键通路。

总体设计：从急性髓系白血病干细胞（9名患者）和正常骨髓造血干细胞（HSCs）（4名对照受试者）中分离总RNA。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。